Avian influenza viruses : factors modulating the evolution towards high pathogenicity viruses | Virus influenza aviaires : facteurs modulant l'évolution vers les formes hautement pathogènes

Английский. Low pathogenicity avian influenza viruses (LPAIV) belonging to subtypes H5 and H7 are capable of evolving into high pathogenicity avian influenza viruses (HPAIV), following the acquisition of a polybasic cleavage site in their hemagglutinin (HA). HA can then be cleaved by intracellular and ubiquitous proteases, enabling the virus to replicate systemically. The newly emerged HPAIV must then become the predominant variant in order to be transmitted to new hosts, thus ensuring its successful emergence. During this process, the VIAHP interacts with the population of viral variants, and the interactions could be of different kinds depending on the host. We therefore wanted to see whether the host's innate immune response played a role in variant emergence. The first part of the thesis involved the testing of an innate immunity inhibitor, named ruxolitinib, in ducks infected with a HPAIV. We were able to see that administration of ruxolitinib increased viral replication and also that this molecule effectively inhibited Mx1 expression in ducks. The second part of the thesis focused on coinfections in embryonated eggs and TOCs, in order to mimic the competition between a newly emerged HPAIV and its LPAIV precursor. We used ruxolitinib in these models to see whether modulating the innate immune response had an impact on the emergence of the HP variant. Under our experimental conditions, we did not observe any effect of the innate immune response on the interactions between the variants. The next objective will be to carry out these coinfections in ducks. This work contributes to the understanding of the factors influencing the emergence of HPAIV, whose epizootics have a major impact on public and animal health.

Французский. Les virus influenza aviaires faiblement pathogènes (VIAFP) appartenant aux sous-types H5 et H7 sont capables d’évoluer en virus influenza aviaires hautement pathogènes (VIAHP), suite à l’obtention d’un site de clivage polybasique au niveau de leur hémagglutinine (HA). HA peut alors être clivée par des protéases intracellulaires et ubiquitaires et le virus est ainsi capable de se répliquer de manière systémique. Le VIAHP nouvellement apparu doit ensuite devenir majoritaire pour être transmis à de nouveaux hôtes, et ainsi son émergence sera réussie. Au cours de ce processus, le VIAHP interagit avec la population de variants viraux, et les interactions pourraient être de différente nature en fonction de l’hôte. Nous avons donc voulu voir si la réponse immunitaire innée de l’hôte jouait un rôle dans l’émergence des variants. La première partie de la thèse a consisté dans l’essai d’un inhibiteur de l’immunité innée, le ruxolitinib, dans des canards infectés par un VIAHP. Nous avons pu voir que l’administration du ruxolitinib permettait d’augmenter la réplication virale et aussi que cette molécule inhibait efficacement l’expression de Mx1 chez les canards. La deuxième partie de la thèse était centrée sur les co-infections dans des œufs embryonnés et des TOC, afin de mimer la compétition entre un VIAHP nouvellement apparu et son précurseur VIAFP. Nous avons utilisé le ruxolitinib dans ces modèles afin de voir si le fait de moduler la réponse immunitaire innée avait un impact sur l’émergence du variant HP. Dans nos conditions expérimentales, nous n’avons pas observé d’effet de la réponse immunitaire innée sur les interactions entre les variants. Le prochain objectif sera de réaliser ces co-infections dans des canards. Ces travaux contribuent à la compréhension des facteurs influençant l’émergence de VIAHP, dont les épizooties ont un impact important sur la santé publique et animale.