Revisão taxonômica e filogenômica de Saimiri Voigt, 1831 (Primates, Cebidae)

Squirrel monkeys (genus Saimiri Voigt, 1831) are small Neotropical primates (650-1200g). They are widely distributed in the Amazon Basin and have two taxa that occur in Central America. Although it is a frequentely used group in biomedical research, there is still a great divergence in the number of recognized species, ranging from 2 to 12 taxa. Recently several papers have been published using mitochondrial DNA to understand the origin and diversification of Saimiri, as well as the relationship between species. However, even after these publications, diversity and intra-generic relationship still present divergences, with no cogruence between morphological and genetic data. The present study aimed to propose a phylogenetic hypothesis for Saimiri from the double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq), as well as to review Saimiri, defining the species that make up the genus, as well as its distribution. This thesis is divided into three chapters. In the first, “Phylogenomics of Amazon squirrel monkeys (Saimiri; Primates; Cebidae)”, we use 44 tissue samples and 6 blood samples to obtain ddRADseq molecular phylogeny through Maximum Likelihood analysis and a time-calibrated tree from BEAST. We verified the relationship between the studied populations with the Bayesian cluster analysis of STRUCTURE. Our results recovered the monophyly between the Gothic and Roman groups, our trees recovered ten lineages within Saimiri of the Amazon Basin. In addition, we confirm that intra-generic diversification is recent and has occurred in the Pleistocene epoch. In the second chapter, “How many squirrel monkey (Saimiri Voigt, 1831) species are there? A morphological diagnosis and refined mapping of geographical distribution”, we analyzed 887 specimens of all currently recognized species and 18 types, representing almost the entire geographic distribution of the group, we also included the phylogenomic data obtained in the first chapter. Our results support the existence of two morphological groups (Gothic and Roman) and the recognition of thirteen species with one new species. For each of them are presented synonymy, type material, type locality, diagnosis, variation, comparison with other species, distribution, remarks, conservation status and specimens examined. In the third chapter, “New records of Saimiri collinsi Osgood, 1916 (Cebidae, Primates), with comments on habitat use and conservation”, we indicate the expansion of geographic distribution of the Collins’ squirrel monkey (Saimiri collinsi), to a transition area between Amazon and Cerrado. We also indicated the need for monitoring of these populations due to the intense anthropic action in the region that reduced the habitat of the species in most of Maranhão and northern Tocantins.

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Os macacos-de-cheiro (gênero Saimiri Voigt, 1831) são primatas neotropicais de pequeno porte (650- 1200g), amplamente distribuídos na Bacia Amazônica, além de dois taxa que ocorrem na América Central. Existe grande divergência em relação ao número de espécies reconhecidas, podendo variar de 2 a 12 taxa. Recentemente diversos trabalhos foram publicados utilizando DNA mitocondrial visando entender a origem e diversificação de Saimiri, bem como o relacionamento entre as espécies. Entretanto, mesmo após estas publicações a diversidade e o relacionamento intra genérico ainda apresenta divergências, não havendo cogruência entre os dados morfológicos e genéticos. O presente estudo teve como objetivo propor uma hipótese filogenética para Saimiri através de parte do genoma (double digest restriction-site associated DNA sequencing - ddRADseq), assim como revisar taxonomia do genêro e sua distribuição. Esta tese está dividida em três capítulos. No primeiro, “Phylogenomics of Amazon squirrel monkeys (Saimiri; Primates; Cebidae)”, foram analisadas 44 amostras de tecido e seis de sangue para obtenção de uma filogenia molecular de parte do genoma (ddRADseq) através da análise de Máxima Verossimilhança e de uma árvore datada através do BEAST. Verificou-se a estrutura entre as populações estudadas através do STRUCTURE. Recuperou- se a monofilia recíproca entre o grupo Gótico e Romano. Além disso, as árvores recuperaram dez linhagens dentro de Saimiri da Bacia Amazônica, confirmando que a diversificação intra-genérica é recente, tendo ocorrido no Pleistoceno. No segundo capítulo, “How many squirrel monkey (Saimiri Voigt, 1831) species are there? A morphological diagnosis and refined mapping of geographical distribution”, foram analisados 887 espécimes de todas as espécies atualmente reconhecidas, incluindo 18 espécimes tipos. Foi verificada a congruência entre os resultados de análises morfológicas com a filogenia obtida no primeiro capítulo. Os resultados apoiam a existência de dois grupos morfológicos (Romano e Gótico) e o reconhecimento de 13 espécies, sendo uma espécie nova. Para cada uma delas são apresentados sinonímia, material tipo, localidade tipo, diagnose, variação, comparação com outras espécies, distribuição, comentários, status de conservação e material examinado. No terceiro capítulo, “New records of Saimiri collinsi Osgood, 1916 (Cebidae, Primates), with comments on habitat use and conservation”, a distribuição geográfica da espécie Saimiri collinsi, foi ampliada para uma área de transição entre Amazônia e Cerrado, indicando também a necessidade de monitoramento dessas populações devido à intensa ação antrópica na região que reduziu o habitat da espécie na maior parte do Maranhão e no norte do Tocantins.