Development of SSR markers and assessment of genetic diversity in native Nepenthes spp. in southern Thailand | Desenvolvimento de marcadores SSR e avaliação da diversidade genética em Nepenthes spp. nativas do sul da Tailândia

Английский. Nepenthes spp. (Nepenthaceae) is one of the popular genera of carnivorous plants, which has a special leaf modification with varying shapes, sizes, and shades of color. These plants exhibit high variation within species and populations, making it difficult to classify them by morphology. As a result, molecular techniques are needed to identify genetic diversity. Therefore, this study aimed to generate simple sequence repeat (SSR) markers and assess the genetic diversity of nine native Nepenthes spp. in southern Thailand. In the present study, a total of 20 SSR primer pairs containing dinucleotide or trinucleotide motifs were identified from 2,138 nucleotides and 41 ESTs of Nepenthaceae, and 950 nucleotides of carnivorous plants from that database were retrieved from GenBank. Only 10 were polymorphic, showing 2–7 alleles and, on average, 3.7 alleles per locus. Based on SSR markers, the nine Nepenthes spp. were clustered into two main groups by SSR scoring data using UPGMA cluster analysis, with a cophenetic correlation of 0.76. This is the first report that identified N. mirabilis var. globosa as distinct from N. mirabilis by SSR markers. The results suggested that SSR markers can successfully reveal variability among Nepenthes spp. They can be useful to evaluate genetic diversity studies, provide practical information for parental selection, assist breeding programs, and the result is important to the conservation action of endangered species.

португальский. Nepenthes spp. (Nepenthaceae) é um dos gêneros populares de plantas carnívoras, que apresenta uma modificação especial da folha, com formas, tamanhos e tonalidades de cor variados. Essas plantas exibem alta variação dentro das espécies e populações, tornando difícil sua classificação apenas por características morfológicas. Como resultado, técnicas moleculares são necessárias para identificar a diversidade genética. Portanto, este estudo teve como objetivo desenvolver marcadores de repetições de sequência simples (SSR) e avaliar a diversidade genética de nove espécies nativas de Nepenthes no sul da Tailândia. No presente estudo, foram identificados 20 pares de primers SSR contendo motivos de dinucleotídeos ou trinucleotídeos a partir de 2.138 nucleotídeos e 41 ESTs da família Nepenthaceae, além de 950 nucleotídeos de plantas carnívoras recuperados do banco de dados GenBank. Apenas 10 marcadores foram polimórficos, apresentando de 2 a 7 alelos, com uma média de 3,7 alelos por loco. Com base nos marcadores SSR, as nove espécies de Nepenthes foram agrupadas em dois grupos principais por meio da análise de agrupamento UPGMA, com coeficiente de correlação cofenética de 0,76. Este é o primeiro relato que identifica N. mirabilis var. globosa como distinta de N. mirabilis por meio de marcadores SSR. Os resultados indicam que os marcadores SSR são eficazes na detecção da variabilidade entre as espécies de Nepenthes. Eles podem ser úteis em estudos de diversidade genética, fornecer informações práticas para a seleção parental, auxiliar em programas de melhoramento e contribuir para ações de conservação de espécies ameaçadas de extinção.