Microbial Diversity and Rumen Ecology of Swamp Buffalo Fed Rice Straw or Fresh Para Grass | ความหลากหลายของจุลินทรีย์และนิเวศวิทยาในกระเพาะรูเมนของกระบือปลัก ที่ได้รับฟางข้าวหรือหญ้าขนสด

Английский. The diversity and population of ruminal bacteria present in the rumen of swamp buffaloes fed rice straw or para grass (Brachiaria mutica). Total DNA were extracted from the rumen digesta of 4 swamp buffaloes fed rice straw or para grass. The diversity of bacteria was analyzed by PCR amplification and 16S rDNA clone library sequences. The bacteria population was determined by real-time PCR technique. The 16S rDNA sequences (1,500 bp) of clones were completely sequenced and subjected to a BLAST. In buffaloes fed rice straw, the 102 clones, 49.02% (50 clones) of the clone showed >97% sequence similarity with known isolates, for the remaining 50.98% (52 clones) had <97% similarity. The majority of clones fell into Low G+C Gram-Positive Bacteria (LGCGPB) and Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides (CFB) (71.57 and 10.25%, respectively). In buffaloes fed fresh para grass, the 109 clones, 40.37% (44 clones) of the clone showed >97 % sequence similarity with known isolates, for the remaining 59.63% (65 clones) had similarity <97%. The majority of clones fell into LGCGPB and CFB (56.88 and 31.19%, respectively). The population of major groups of known bacteria in the rumina of buffalo fed rice straw or fresh para grass were similar.

Тайский. การศึกษาความหลากหลาย และจำนวนประชากรของแบคทีเรียที่อาศัยอยู่ในกระเพาะรูเมนของกระบือปลักที่ได้รับฟางข้าวหรือหญ้าขนสด โดยการวิเคราะห์ลำดับเบสของยีน 16S rDNA โดยใช้กระบือปลักโตเต็มวัย เพศเมีย จำนวน 4 ตัว ที่เจาะกระเพาะรูเมน ทำการเก็บตัวอย่างจากกระเพาะรูเมนเพื่อนำมาสกัด DNA ของแบคทีเรียและนำไปวิเคราะห์ความหลากหลายของแบคทีเรียโดยใช้เทคนิค PCR และการทำห้องสมุดยีนของ 16S rDNA (1,500 bp) ทำการหาจำนวนประชากรของแบคทีเรียโดยใช้เทคนิค real-time PCR และนำลำดับเบสของยีน 16S rDNA ที่ได้จากการโคลนมาเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลใน GenBank โดยวิธี on line BLAST จากการสุ่มโคลนของยีน 16S rDNA จากกระเพาะรูเมนของกระบือที่กินฟางข้าว จำนวน 102 โคลน พบโคลนที่มีความเหมือนกับแบคทีเรียในฐานข้อมูลมากกว่า 97 เปอร์เซ็นต์ คิดเป็น 49.02 เปอร์เซ็นต์ (50 โคลน) และแบคทีเรียที่มีความเหมือนน้อยกว่า 97 เปอร์เซ็นต์ คิดเป็น 50.98 เปอร์เซ็นต์ (52 โคลน) ของแบคทีเรียทั้งหมดในห้องสมุดยีน แบคทีเรียกลุ่มหลักที่พบ คือ แบคทีเรียกลุ่ม Low G+C Gram-Positive Bacteria (LGCGPB) คิดเป็น 71.57 เปอร์เซ็นต์ ในขณะที่การโคลนยีน 16S rDNA จากกระเพาะรูเมนของกระบือที่กินหญ้าขนสด จำนวน 109 โคลน พบโคลนที่มีความเหมือนกับแบคทีเรียในฐานข้อมูล มากกว่า 97 เปอร์เซ็นต์ คิดเป็น 40.37 เปอร์เซ็นต์ (44 โคลน) และแบคทีเรียที่มีความเหมือนน้อยกว่า 97 เปอร์เซ็นต์ คิดเป็น 59.63 เปอร์เซ็นต์ (65 โคลน) ของแบคทีเรียทั้งหมดในห้องสมุดยีน แบคทีเรียกลุ่มหลักที่พบ คือ แบคทีเรียกลุ่ม LGCGPB คิดเป็น 56.88 เปอร์เซ็นต์ จำนวนประชากรของแบคทีเรียกลุ่มหลักที่พบได้บ่อยในกระเพาะรูเมนของกระบือที่ได้รับฟางข้าวหรือหญ้าขนสดมีปริมาณใกล้เคียงกัน