PCR-test for identification and species differentiation of Waddlia chondrophila | ПЛР-тест для ідентифікації та видової диференціації Waddlia chondrophila

Английский. In recent times, the number of species of chlamydia associated with a number of inflammatory diseases in animals has expanded considerably. Moreover, in addition to chlamydia, attention was attracted by Сhlamydia-like organisms, which are not only dangerous for animals, but also carry a zoonotic threat. Currently, the most studied Chlamydia-like organisms are Waddlia chondrophila and Parachlamydia acanthamoebae. They are associated with diseases of the reproductive and respiratory systems in cattle and humans. Considering the danger to animals and the zoonotic threat of chlamydia-like organisms along with the absence of tools to discover them in Ukraine, the aim of our work was to develop a PCR test for the identification and species differentiation of Waddlia chondrophila. Conservative 16S rRNA genes were chosen as target genes for developing a PCR test system for identifying Waddlia chondrophila. Primers were selected specifically to be able to create multiplex combinations with the previously developed PCR test for Parachlamydia acanthamoebae. Both primers were designed with the same physical characteristics to provide simultaneous amplification under the same conditions in single or multiplex PCR. For the specificity evaluation of the primers, a panel of following DNA samples was used: Waddlia chondrophila, Parachlamydia acanthamoebae, Chlamydia avium, Chlamydia pecorum, Chlamydia abortus, Chlamydia psittaci, Chlamydia suis, Chlamydia caviae, Clavochlamydia salmonicola, Piscichlamydia salmonis. PCR product of 88 base pairs (b.p.) was formed during amplification only when the Waddlia chondrophila control DNA was present in the sample, as was expected. The small size of the PCR product theoretically allows the use of this pair of oligonucleotide primers for real-time PCR tests. After testing on clinical samples, developed PCR test system for identifying and species differentiation of Waddlia chondrophila can be used by scientists for extensive monitoring, by veterinary medicine doctors to clarify the diagnosis, and might be introduced into the practice of laboratories of veterinary and humane medicine.

украинский. Останнім часом кількість видів хламідій, пов’язаних з рядом запальних захворювань тварин, значно розшилась. Більш того, окрім хламідій, увагу привернули хламідіє-подібні організми, які не тільки є небезпечними для тварин, але й несуть зоонозну загрозу. Найбільш вивченими, на даний момент хламідіє-спорідненими організмами є Waddlia chondrophila та Parachlamydia acanthamoebae, їх пов’язують з захворюваннями репродуктивної та респіраторної систем великої рогатої худоби та людини. З огляду на небезпечність для тварин і зоонозну загрозу хламідіє-подібних організмів та відсутністю доступного способу їх дослідження метою нашої роботи стало розроблення ПЛР – тесту для ідентифікації і видової диференціації Waddlia chondrophila. При розробці ПЛР – тест система для виявлення Waddlia chondrophila в якості генів-мішеней були обрані консервативні гени 16S pРНК. Праймери підбиралися таким чином, щоб була можливість створення мультиплексних поєднань з раніше розробленою нами ПЛР-тест-системою з Parachlamydia acanthamoebae. Ці праймери були розроблені з однаковими фізичними характеристиками, щоб мати можливість забезпечити одночасну ампліфікацію в однакових умовах в одиночних або мультиплексних ПЛР. Для оцінки специфічності праймерів використовувалася панель зразків ДНК: Waddlia chondrophila, Parachlamydia acanthamoebae, Chlamydia avium, Chlamydia pecorum, Chlamydia abortus, Chlamydia psittaci, Chlamydia suis, Chlamydia caviae, Clavochlamydia salmonicola, Piscichlamydia salmonis. Праймери давали продукт ПЛР 123 пари нуклеотидів (п.н.) тільки тоді, коли у зразку була присутня контрольна ДНК Waddlia chondrophila, як і очікувалося. Незначний розмір ПЛР-продукту теоретично дозволяє використовувати дану пару олігонуклеотидних праймерів і для ПЛР-тестів в реальному часі. Розроблена ПЛР тест-система для ідентифікації та видової диференціації Waddlia chondrophila після апробації на клінічному матеріалі може бути використана вченими для широкого моніторингу, використовуватись лікарями ветеринарної медицини для уточнення діагнозу, бути введеними в практику лабораторій ветеринарної медицини та гуманної медицини.