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Pacote em ambiente R para análise de variância e análises complementares | Package in the R environment for analysis of variance and complementary analyses Полный текст
2014
Emmanuel Arnhold
<p class="western" lang="en-US">Objetivou-se criar pacote em ambiente R, denominado “easyanova”, a fim de disponibilizar funções para realizar análise de variância de tratamentos qualitativos, com várias opções de testes de contrastes de médias e análise de resíduos. O pacote dispõe das funções “ea1()”, “ea2()” e “ec()” e 19 conjuntos de dados. A função “ea1()” realiza análises em 13 delineamentos e também os testes de Kruskal-Wallis e Friedman. A função “ea2()” realiza análises em esquemas experimentais com interação (13 esquemas). A função “ec()” testa contrastes de grupos de médias. Os dados e exemplos disponíveis no pacote são voltados principalmente à experimentação animal. Entre delineamentos possíveis de serem analisados têm-se alguns muito utilizados na experimentação animal, como os quadrados latinos e parcelas subdivididas no tempo. As funções do pacote também são de fácil utilização e fazem ajustes necessários nos casos de experimentos desbalanceados. | The objective was to create a package in the R environment, called “easyanova” to provide functions for performing analysis of variance of qualitative treatments with several test options for mean contrasts and residual analysis. The package comprises the functions “ea1()”,”ea2()” and “ec ()” and 19 data sets. The “ea1()” performs analyses in 13 designs and also the tests of Kruskal-Wallis and Friedman. The “ea2()” function performs analyses in experimental schemes with interaction (13 schemes). The “ec()” function tests mean group contrasts. The data and examples available in the package are associated mainly with animal research. Some of the possible analyzable designs are widely used in animal experimentation, such as Latin squares and split plot in time. In addition, the functions of the package are easy to use and make the necessary adjustments in cases of unbalanced experiments.
Показать больше [+] Меньше [-]Isolamento de Leptospira borgpetersenii em Didelphis albiventris sinantrópicos em Jaboticabal, São Paulo, Brasil | Isolation of Leptospira borgpetersenii in synanthropic Didelphis albiventris in Jaboticabal, São Paulo, Brazil Полный текст
2014
Felipe Jorge da Silva | Talita Ribeiro Silva | Glaucenyra Cecília Pinheiro Silva | Carlos Eduardo Pereira dos Santos | José Roberto Ferreira Alves Júnior | Luis Antonio Mathias
Leptospirosis is a waterborne disease and, therefore, stands out for the possibility of environmental contamination, the cross transmission between domestic and wild animals and humans. Opossum species are important reservoirs of this disease making them potential pathogen spreaders. Aiming to verify the presence of Leptospira spp. and the antibodies against Leptospira spp. in the Campus of São Paulo State University, in Jaboticabal, São Paulo, Brazil, freeliving wild life opossum (Didelphis albiventris) were captured for blood and urine sampling. Serological analysis was performed Microscopic Agglutination Test (MAT). Aliquots of urine were seeded in media Ellinghausen-McCullough- Johnson-Harris (EMJH) and Fletcher without antibiotics. The samples in which there was growth of leptospires were forwarded to the Leptospirosis Laboratory of the Institute of Pathobiology in the National Institute of Agricultural Technology, Buenos Aires, Argentina and were genotyped using Multiple Locus Variable number tandem repeat Analysis (MLVA). Of the 15 analyzed animals, nine (60.0%) were reactant to Patoc serovar. The pathogenic specie Leptospira borgpetersenii was isolated and identified in three Didelphis albiventris. The isolation findings of pathogenic specie Leptopsira borgpetersenii in the urine culture of three Didelphis albiventris in a university campus are a major discovery in the area of preventive veterinary medicine and public health and open a discussion about the important role of free-living wild animals as reservoirs of this agent to domestic animals and humans, a condition that serves as a warning for the improvement of health practices. | A leptospirose é uma zoonose de veiculação hídrica e, portanto, se destaca pela possibilidade de contaminação ambiental, o que facilita a transmissão cruzada entre animais domésticos, selvagens e humanos. Espécies de gambás são importantes reservatórios dessa enfermidade, tornando-os potenciais disseminadores do agente. Com o objetivo de verificar a presença de Leptospira spp. e de anticorpos contra Leptospira spp. no Campus da Universidade Estadual Paulista, em Jaboticabal, foram capturados gambás (Didelphis albiventris) de vida livre para a colheita de amostras de sangue e de urina. As análises sorológicas foram efetuadas pela técnica de Soroaglutinação Microscópica (SAM). Alíquotas de urina foram semeadas nos meios Ellinghausen-McCullough-Johnson-Harris (EMJH) e Fletcher sem antibióticos. As amostras que apresentaram crescimento de espiroquetas foram levadas ao Laboratório de Leptospirose do Instituto de Patobiologia, no Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria, Buenos Aires, Argentina e foram genotipadas com a técnica de Múltiplos Locus de Números Variáveis de Repetição em Tandem (MLVA). Dos 15 animais examinados pela SAM, nove (60,0%) foram reagentes à sorovariedade Patoc. Foi isolada e identificada a espécie patogênica Leptospira bosrpetersenii de três Didelphis albiventris. Os achados de isolamento da espécie patogênica Leptospira borgpetersenii na cultura de urina de três Didelphis albiventris são um grande descobrimento para as áreas da medicina veterinária preventiva e da saúde pública e reforçam a discussão sobre o importante papel dos animais selvagens de vida livre como reservatórios desse agente para animais domésticos e seres humanos, situação que serve de alerta para melhorias nas práticas sanitárias.
Показать больше [+] Меньше [-]Morphological study of the male genital organs of Gracilinanus microtarsus Полный текст
2014
Jussara Marcolino do Nascimento Lima | Amilton Cesar Santos | Diego Carvalho Viana | Bruno Machado Bertassoli | Luis Miguel Lobo | Vanessa Cristina Oliveira | Denis Cristiano Briani | Gerlane Medeiros Costa | Antônio Chaves Assis-Neto | Carlos Eduardo Ambrósio | Ana Flávia Carvalho | Celina Almeida Furlanetto Mançanares
<em>Gracilinanus </em><em>microtarsus</em> is one of the smallest marsupials on earth. Since it spreads seeds, it has great ecological relevance. However, its reproduction data, especially those related to the anatomy of its reproduction apparatus, are scarce in the literature. Current analysis describes the male genital organs of six adult specimens of <em>G. microtarsus</em>. Macroscopic studies were undertaken on dissected organs, whereas histological studies were performed by inclusion technique in paraffin and by hematoxylin and eosin and Masson trichrome staining. The male genital organs of <em>G. microtarsus</em> consist of a penis with bifid glans, two testicles within a pendular scrotum, placed cranially to the penis, featuring a histology consisting of seminiferous tubules with spermatogonic cells, spermatozoa and Sertoli cells, and a peritubular region with Leydig cells. Testicles are closely associated with epididymis with head, body and tail, with histological differences between the different regions. Deferent ducts, spermatic funicles and annexed glands were reported. The latter were composed of prostate glands divided into three distinct segments and bulbourethral glands. Results show that the male reproduction system of <em>G. Microtarsus</em> is anatomically similar to that of <em>Didelphis sp. </em>and other marsupials groups, with slight details such as the site of each organ.
Показать больше [+] Меньше [-]Combined effects feeding restriction and flushing on fertility of gilts inseminated at different estrous cycles | Efeitos combinados da restrição alimentar e flushing sobre a fertilidade de marrãs inseminadas artificialmente em diferentes ciclos estrais Полный текст
2014
Adriana Muniz | Gisele Mouro Ravagnani | Simone Maria Massami Kitamura Martins | André Furugen Cesar de Andrade | Aníbal de Sant’Anna Moretti
Foi avaliado o efeito da restrição alimentar na fase pré-púbere associada ao emprego do “flushing” no ciclo precedente ao da inseminação artificial, sendo realizada no 2° ou 3° estro, sobre o desempenho produtivo, numero de corpos lúteos e de fetos, além da taxa de sobrevivência fetal. Um total de 96 fêmeas foi distribuído em delineamento inteiramente casualizado com arranjo fatorial 2x2x2, sendo considerados os fatores: estratégia nutricional, alimentação ad libitum ou restrita; utilização ou não de “flushing” no ciclo precedente a IA, e momento da IA, realizada no 2° ou 3° estro, constituindo oito tratamentos. A idade em que as marras manifestaram o 1° estro não foi influenciada pela estratégia nutricional, mas o peso e o ganho de peso foram maiores (P < 0,05) na alimentação ad libitum. Não foram observados interação e tão pouco efeito de tratamento no numero de corpos lúteos e a taxa de sobrevivência dos fetos. O numero de fetos em fêmeas mantidas em alimentação ad libitum não foi influenciado pelo momento da IA, contudo as fêmeas em restrição alimentar apresentaram aumento (P < 0,05) no numero de fetos quando inseminadas no 3° estro. Desse modo, conclui-se que o emprego da estratégia nutricional ad libitum possibilita adiantar a inseminação para o 2° estro sem redução no numero de fetos, diminuindo os dias não produtivos da marra. Porem, essa estratégia reduz a taxa de sobrevivência fetal ate 35° dia de gestação. | The study evaluated the effect of dietary restriction in prepubertal gilts associated with the use of flushing in the preceding cycle of artificial insemination, 2nd or 3rd estrus on productive performance, number of corpora lutea and fetus, besides the fetus survival rate. A total of 96 gilts were distributed to a completely randomized design with 2x2x2 factorial arrangement of treatments, consisting of: nutritional strategy, ad libitum or restricted feeding, use or not of flushing in the preceding cycle AI, and time of AI, held on the 2nd or 3rd estrus. The age at which gilts expressed the 1st estrus was not influenced by nutritional strategy, but the body weight and weight gain were higher (P < 0.05) in gilts submitted to ad libitum feeding. No interactions were observed as treatment effect on number of corpora lutea and fetus survival rate. The number of fetuses in females on ad libitum feeding was not influenced by time of AI, but the females feed restriction showed an increase (P < 0.05) in the number of fetuses when inseminated on 3rd estrus. Thus, it is concluded that the use of ad libitum nutritional strategy allows for insemination forward 2nd estrus without reducing the number of fetuses, reducing the non-productive days gilt. However, this strategy reduces the rate of fetal survival until day 35 of gestation.
Показать больше [+] Меньше [-]Estudo da frequência dos antígenos eritrocitários caninos 1, 1.1 e 7 e risco de transfusão incompatível em cães de diferentes raças e mestiços da região metropolitana da cidade de São Paulo-SP, Brasil | Study of the frequency on the dog erythrocyte antigen 1, 1.1 and 7 and incompatible transfusion risk in different dog breeds and mongrel dogs of the metropolitan region of São Paulo-SP, Brazil Полный текст
2014
Samantha Leite de Souza | Angelo João Stopiglia | Simone Gonçalves Rodrigues Gomes | Silvia Kana Ulata | Ludmila Rodrigues Moroz | Denise Tabacchi Fantoni
O presente trabalho objetivou estudar a frequência dos grupos sanguíneos identificados como antígenos eritrocitários caninos (AEC) 1, 1.1 e 7 em cães da região metropolitana da cidade de São Paulo-SP, Brasil, e calcular o risco de administração de sangue incompatível tanto em uma primeira quanto em uma segunda transfusão. Para tanto, 300 cães não aparentados foram divididos igualmente em seis grupos de acordo com as raças: Pastor Alemão (PA); Rottweiler (R); Poodle (P); Cocker Spaniel Inglês (CS); raças definidas diversas (RDD) e mestiços (M). Avaliou-se a relação entre a frequência dos AEC e os grupos raciais. A frequência geral de AEC 1 na população foi de 71% (AEC 1.1 – 53,35%) e houve variações de acordo com as raças: PA- 32% (AEC 1.1 – 20%), R- 98% (1.1 – 80%), P- 76% (1.1 – 54%), CS- 84% (1.1 – 50%), RDD- 62% (1.1 – 56%) e M- 74% (1.1 – 60%). A frequência geral de AEC 7 foi de 39,33% e não houve diferenças significativas entre as raças. O risco de um cão negativo para o AEC 1 receber sangue positivo foi de 0,6 a 66,6% em uma primeira transfusão e de 0,21 a 65,3% do mesmo cão receber sangue incompatível em uma segunda transfusão. O risco quanto ao AEC 7 foi de 23,86% na primeira transfusão e 9,4% numa segunda transfusão. Este estudo concluiu que houve variação na frequência de AEC1 e AEC 1.1, mas não quanto ao AEC 7 entre raças. Esta variação na porcentagem de animais positivos quanto ao AEC 1 se refletiu na grande variação no risco de uso de sangue incompatível. Portanto, conhecer a frequência dos AEC na população tem impacto direto no manejo entre cães doadores e receptores, mas a utilização conjunta de teste de tipagem sanguínea e reação cruzada reduz a possibilidade de transfusão de sangue incompatível. | This study aims to investigate the frequency of blood groups identified as Dog Erythrocyte Antigens (DEA) 1, 1.1 and 7 dogs in the metropolitan region of São Paulo-SP, Brazil, and calculate the risk of administering incompatible blood in both first and second transfusion. For both, 300 unrelated dogs were equally divided into six groups according to the breeds: German Shepherd (GS), Rottweiler (R) Poodle (P), Cocker Spaniel (CS); defined several races (DSR), mongrel dogs (M). We evaluated the relationship between the frequency of AEC and racial groups. The overall frequency of DEA 1 in population was 71% (DEA 1.1 – 53.35%) and there were variations according to the breeds: GS- 32% (DEA 1.1 – 20%), R –98% (1.1 – 80%) P – 76% (1.1 – 54%), CS-84% (1.1 – 50%), DSR- 62% (1.1 – 56%) and M –- 74% (1.1 – 60%). The overall frequency of BCE 7 was 39.33%, and there were no significant differences between the breeds. The risk of a dog negative DEA receiving 1 positive blood was 0.6 to 66.6% in the first transfusion and 0.21 to 65.3% from the same animal dog receiving incompatible blood transfusion in a second. The risk of the DEA 7 was 23.86% in the first transfusion and 9.4% in a second transfusion. This study concluded that there was variation in the frequency of DEA 1 and 1.1, but not on the DEA 7 between races. This variation in the percentage of positive animals to DEA 1 was reflected in the large variation in the risk of use of incompatible blood. Therefore, knowing the frequency of the DEA in the population has a direct impact on handling dogs between donors and recipients, but the joint use of testing blood typing and cross-reactivity reduces the possibility of incompatible blood transfusion.
Показать больше [+] Меньше [-]Lipid structural information from a single equine embryo by MALDI-MS | Informação estrutural de lipídios a partir de um único embrião equino pela técnica de MALDI-MS Полный текст
2014
Roseli Fernandes Gonçalves | Christina Ramires Ferreira | Cássia Maria Barroso Orlandi | Sérgio Adriano Saraiva | Heder Nunes Ferreira | Eduardo Jorge Pilau | Fábio César Gozzo | Marcos Antônio Achilles | Daniela Lazzaro D'Ercole | Marcos Nogueira Eberlin | José Antônio Visintin
O objetivo deste trabalho foi relatar o potencial da técnica de MALDI-MS para caracterizar espécies de lipídios presentes em um único embrião equino e estudar algumas estruturas lipídicas detectadas por dissociação induzida por colisão (CID). No espectro de modo íon positivo, pudemos observar espécies, principalmente, protonadas e sodiadas de esfingomielinas (SM), fosfatidileolinas (PC) e triacilgliceróis (TAG). No modo negativo, observamos fosfatidiletanolaminas (PE) e fosfatidilinositos (PI). Espectros de íons de lípidos com maior intensidade foram utilizados para demonstrar o potencial da informação estrutural por MALDI-MS/MS. O espectro no modo positivo de m/z (massa sobre carga) 760,6 (atribuída como PC34:1) apresentou características de fragmentos PC de m/z 184,1 (denominada cabeça polar de colina), além de perda neutral (NL) de m/z 183 (fosforilcolina). Para o íon de m/z 766,6 (atribuída como PE38:5), observou-se a NL de 140, característica do PE. Para o íon de m/z 808,7 (38,5 atribuído como PC), além do fragmento m/z 184,1 na NL de 183, foi possível observar a perda de trimetilamina (íon de m/z 749,6) e o ciclofosfano (íon de m/z 147,0). Finalmente, para o modo de íon negativo, foram isolados e fragmentados o íon de m/z 863,6 que foi atribuído como PI36:1, devido à presença de m/z 153 (fosfato de glicerol – H<sub>2</sub>O-H ), 223 (inositol fosfo - 2H<sub>2</sub>O-H) , 241 (fosfoinositol – H<sub>2</sub>O-H), 281 (ácido oleico) e 581,3 (lisofosfoinositol – H<sub>2</sub>O+H). Concluímos que a MALDI - MS permite a detecção de uma ampla gama de espécies de PC, SM, PE, PI e TAG lipídicas, bem como a caracterização rápida e confiante de estruturas lipídicas a partir de um único embrião equino. | The aim of this work was to report the potential of MALDI-MS for the characterization of lipid species present in a single equine embryo, and to study some lipid structures detected by collision induced dissociation (CID) experiments. In the positive ion mode spectrum, we could observe mostly protonated and sodiated species of sphingomyelins (SM), phosphatidylcholines (PC) and triacylglycerols (TAG). In the negative ion mode, we observed phosphatidylethanolamines (PE) and phosphatidylinositols (PI). MS/MS spectrum of most intense lipid ions was performed to show MALDI-MS/MS structural information potential. MS/MS spectrum in the positive mode of <em>m/z</em> 760.6 (attributed as PC34:1) depicted characteristic PC fragments of m/z 184.1 (choline polar head), and the neutral loss (NL) of 183 (phosphorylcholine). For the ion of <em>m/z</em> 766.6 (attributed as PE 38:5), we observed the NL of 140, characteristic of PE. For the ion of <em>m/z</em> 808.7 (attributed as PC 38.5), besides the fragment at m/z 184.1 at the NL of 183, it was possible to observe the loss of trimethylamine (ion of <em>m/z</em> 749.6), and the cyclophosphane (ion of <em>m/z</em> 147.0). Finally, for the negative ion mode, we isolated and fragmented the ion at <em>m/z</em> 863.6, which was attributed as PI 36:1 due to the presence of <em>m/z</em> 153 (glycerol phosphate – H<sub>2</sub>O-H), 223 (phospho inositol – 2H<sub>2</sub>O-H), 241 (phospho inositol – H<sub>2</sub>O-H), 281 (oleic acid), and 581.3 (lysophosphoinositol – H<sub>2</sub>O-H). We conclude that MALDI-MS allowed the detection of a broad range of PC, SM, PE, PI and TAG lipid species, as well as a fast and confident characterization of lipid structures from a single equine embryo.
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2014
Silvio Arruda Vasconcellos | Solange Maria Gennari
Cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega no preenchimento de cavidade anoftálmica – estudo clínico | Double-setting a-tricalcium phosphate cement for the completion of anophthalmic cavity – clinical study Полный текст
2014
Arianne Pontes Oriá | Francisco de Assis Dórea Neto | Luis Alberto dos Santos | José Luiz Laus | Deusdete Conceição Gomes Junior
Cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega no preenchimento de cavidade anoftálmica – estudo clínico | Double-setting a-tricalcium phosphate cement for the completion of anophthalmic cavity – clinical study Полный текст
2014
Arianne Pontes Oriá | Francisco de Assis Dórea Neto | Luis Alberto dos Santos | José Luiz Laus | Deusdete Conceição Gomes Junior
Avaliou-se o cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega como implante para o preenchimento de cavidade anoftálmica em cães e gatos. Os animais foram provenientes do Serviço de oftalmologia do Hospital Veterinário, da Universidade Estadual Paulista – Câmpus de Jaboticabal. O estudo foi realizado em dois anos. A idade dos pacientes oscilou entre 2 a 11 anos, com peso de 3 a 50 kg. Os implantes variaram de 15 a 25 mm de diâmetro. Edema local foi observado em todos os animais durante o pós-operatório imediato. Das 11 cirurgias realizadas em 8 animais, sendo 7 cães e 1 gato, em 9 (81,8%) o resultado estético foi satisfatório, enquanto em 2 (18,2%) foi insatisfatório, devido a complicações que levaram a remoção dos implantes. A utilização do cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega no preenchimento de cavidade anoftálmica mostrou-se factível e é uma alternativa para melhorar a aparência estética após a enucleação. | The double-setting alpha-tricalcium phosphate bone cement was evaluated as an orbital implant for filling the anophthalmic cavity of dogs. The animals were from the Ophthalmology Unit of the Veterinary Hospital, Universidade Estadual Paulista – Jaboticabal, and from a private veterinary clinic. The study was conducted during two years. The patients’ age ranged from 2-11 years old, and their weight from 9-50 kg. The implants ranged from 19 to 25 mm in diameter. Local edema was observed in all animals during the immediate postoperative period. Of the ten performed surgeries in seven animals, a satisfactory, aesthetic result was observed in nine (90%) while in one (10%) of them it was unsatisfactory due to complications that led to the implant removal. The use of the double-setting alpha-tricalcium phosphate bone cement to fill anophthalmic sockets is feasible and could be an alternative to improve the cosmetic appearance after eyeball removal.
Показать больше [+] Меньше [-]Cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega no preenchimento de cavidade anoftálmica – estudo clínico Полный текст
2014
Arianne Pontes Oriá | Francisco de Assis Dórea Neto | Luis Alberto dos Santos | José Luiz Laus | Deusdete Conceição Gomes Junior
Avaliou-se o cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega como implante para o preenchimento de cavidade anoftálmica em cães e gatos. Os animais foram provenientes do Serviço de oftalmologia do Hospital Veterinário, da Universidade Estadual Paulista – Câmpus de Jaboticabal. O estudo foi realizado em dois anos. A idade dos pacientes oscilou entre 2 a 11 anos, com peso de 3 a 50 kg. Os implantes variaram de 15 a 25 mm de diâmetro. Edema local foi observado em todos os animais durante o pós-operatório imediato. Das 11 cirurgias realizadas em 8 animais, sendo 7 cães e 1 gato, em 9 (81,8%) o resultado estético foi satisfatório, enquanto em 2 (18,2%) foi insatisfatório, devido a complicações que levaram a remoção dos implantes. A utilização do cimento de alfa-fosfato tricálcico de dupla pega no preenchimento de cavidade anoftálmica mostrou-se factível e é uma alternativa para melhorar a aparência estética após a enucleação.
Показать больше [+] Меньше [-]Uso da PCR para detecção de bacilo da tuberculose bovina em leite de vacas positivas ao teste cutâneo | Use of PCR for detection of milk naturally infected with bacilli of bovine tuberculosis Полный текст
2014
Ricardo César Tavares Carvalho | Vinicius Silva Castro | Dandara Virginia Guia Semedo Fernandes | Greika Moura | Elis Santos Soares | Eduardo Eustáquio de Souza Figueiredo | Vânia Margaret Flosi Paschoalin
Uso da PCR para detecção de bacilo da tuberculose bovina em leite de vacas positivas ao teste cutâneo | Use of PCR for detection of milk naturally infected with bacilli of bovine tuberculosis Полный текст
2014
Ricardo César Tavares Carvalho | Vinicius Silva Castro | Dandara Virginia Guia Semedo Fernandes | Greika Moura | Elis Santos Soares | Eduardo Eustáquio de Souza Figueiredo | Vânia Margaret Flosi Paschoalin
The causative agent of bovine tuberculosis (BTB) is <em>Mycobacterium bovis</em>, a bacteria belonging to <em>M. tuberculosis</em> complex (MTC). The definitive diagnosis is realized by isolation and identification of the <em>M. bovis</em> from clinical samples, using a combination of traditional culture and biochemical methods, which is considered the “gold standard”. This procedure is cumbersome and time-consuming. We evaluated a PCR assay for the direct detection of MTC DNA in naturally contaminated milk, using primers that were previously tested and proven reliable to target the <em>IS6110 </em>element. Milk previously seeded with <em>M. bovis</em> was used as the starting material, for padronization of the technique. The procedure involved extracting the DNA by enzymatic lysis (proteinase K and lysozyme), phenol, chloroform, isoamyl alcohol, followed by ethanol precipitation and PCR. The PCR assay allowed us to detect BTB in artificially contaminated milk, with a detection limit of 100 CFU/mL, and was also able to detect the bacillus in 50% (75/150) of samples from naturally infected animals. This procedure could be used to assist the <em>in vivo</em> diagnosis for BTB, complementing the sorological or microbiological tests and becomes an alternative option for implementation in epidemiological studies of BTB transmission and to prevent contaminated milk from entering the food supply. | O agente causador da tuberculose bovina (BTB) é o <em>Mycobacterium bovis</em>, uma bactéria pertencente ao complexo <em>M. tuberculosis</em> (CMT). O diagnóstico definitivo é realizado através do isolamento e identificação de <em>M. bovis</em> em amostras clínicas, utilizando uma combinação de cultura bacteriológica e métodos bioquímicos, que são considerados como "padrão de ouro". Entretanto esses procedimentos são trabalhosos e demorados. No seguinte estudo avaliamos um ensaio de PCR para a detecção direta de DNA de CMT em leite de vacas positivas ao teste cutâneo, utilizando <em>primers</em> previamente testados e comprovadamente confiáveis, para amplificação da região de interesse <em>IS6110</em>. Leite previamente contaminado com <em>M. bovis</em> foi utilizado como material de partida, para a padronização da técnica. O procedimento envolveu a extração do DNA por lise enzimática (proteinase K e lisozima), fenol, clorofórmio, álcool isoamílico, seguido de precipitação com etanol e PCR. O ensaio de PCR permitiu detectar BTB em leite artificialmente contaminado, com um limite de detecção de 100 UFC/mL, e também foi capaz de detectar o bacilo em 50% (75/150) de amostras de leite testadas. A técnica de PCR pode ser utilizada para auxiliar o diagnóstico <em>in vivo</em> da BTB, além de complementar os testes sorológicos ou microbiológicos, tornando-se uma alternativa para estudos epidemiológicos da transmissão de BTB, prevenindo que o leite contaminado entre na cadeia de alimentos.
Показать больше [+] Меньше [-]Use of PCR for detection of milk naturally infected with bacilli of bovine tuberculosis Полный текст
2014
Ricardo César Tavares Carvalho | Vinicius Silva Castro | Dandara Virginia Guia Semedo Fernandes | Greika Moura | Elis Santos Soares | Eduardo Eustáquio de Souza Figueiredo | Vânia Margaret Flosi Paschoalin
The causative agent of bovine tuberculosis (BTB) is Mycobacterium bovis, a bacteria belonging to M. tuberculosis complex (MTC). The definitive diagnosis is realized by isolation and identification of the M. bovis from clinical samples, using a combination of traditional culture and biochemical methods, which is considered the “gold standard”. This procedure is cumbersome and time-consuming. We evaluated a PCR assay for the direct detection of MTC DNA in naturally contaminated milk, using primers that were previously tested and proven reliable to target the IS6110 element. Milk previously seeded with M. bovis was used as the starting material, for padronization of the technique. The procedure involved extracting the DNA by enzymatic lysis (proteinase K and lysozyme), phenol, chloroform, isoamyl alcohol, followed by ethanol precipitation and PCR. The PCR assay allowed us to detect BTB in artificially contaminated milk, with a detection limit of 100 CFU/mL, and was also able to detect the bacillus in 50% (75/150) of samples from naturally infected animals. This procedure could be used to assist the in vivo diagnosis for BTB, complementing the sorological or microbiological tests and becomes an alternative option for implementation in epidemiological studies of BTB transmission and to prevent contaminated milk from entering the food supply.
Показать больше [+] Меньше [-]Molecular epidemiology of rabies virus isolated of herbivores from Brazilian Amazon | Epidemiologia molecular de vírus da raiva isolados de herbívoros procedentes da Amazônia brasileira Полный текст
2014
Haila Chagas Peixoto | Andrea Isabel Estévez Garcia | Sheila Oliveira de Souza Silva | Ofir de Sales Ramos | Lucila Pereira da Silva | Paulo Eduardo Brandão | Leonardo José Richtzenhain
Molecular epidemiology of rabies virus isolated of herbivores from Brazilian Amazon | Epidemiologia molecular de vírus da raiva isolados de herbívoros procedentes da Amazônia brasileira Полный текст
2014
Haila Chagas Peixoto | Andrea Isabel Estévez Garcia | Sheila Oliveira de Souza Silva | Ofir de Sales Ramos | Lucila Pereira da Silva | Paulo Eduardo Brandão | Leonardo José Richtzenhain
Amostras do vírus da raiva (n = 17) isoladas de bovinos (n = 11), equinos (n = 4) e bubalinos (n = 2) procedentes do Pará (n = 7), Tocantins (n = 6) e Rondônia (n = 4) foram submetidas à técnica de RT-PCR para amplificação parcial dos genes da Nucleoproteína (N) e Glicoproteína (G). As sequências nucleotídicas obtidas foram analisadas pelo método de reconstrução filogenética Neighbor-Joining com o modelo evolutivo Kimura 2-parâmetros. Todas as 17 amostras pertenceram ao cluster A, que se encontrou na linhagem associado com morcego hematófago Desmodus rotundus. A análise filogenética baseada nos genes N e G, sugere a presença de cinco sublinhagens (A1-A5) e sete sublinhagens (A1-A7), respectivamente. Quando se compara ambas as filogenias, as sublinhagens A1 até A3 mostram composição e distribuição geográfica concordante, já a diversidade observada na composição das sublinhagens restantes é atribuída ao uso de sequências de diferentes alinhamentos. A glicoproteína mostrou marcadores moleculares nas sublinhagens A2, A3, A4 e A7, o que fornece elementos para melhor compreensão da epidemiologia molecular da raiva das linhagens circulantes na Amazônia Brasileira. | Rabies virus samples (n = 17) isolated from bovines (n = 11), equines (n = 4) and buffalo (n = 2) from Pará State (n = 7), Tocantins (n = 6) and Rondônia (n = 4) were submitted to RT-PCR in order to obtain partial sequences of nucleoprotein (N) and glycoprotein gene (G). Nucleotide sequences were analyzed using Neighbor-Joining model, Kimura 2-parameters evolutionary model. All the 17 samples analyzed were related to cluster A, lineage associated with the hematophagous bat Desmodus rotundus. The phylogenetic analysis based on the N and G genes, suggests the presence of five sub-lineages (A1-A5), while G gene showed seven sub-lineages (A1-A7). In both phylogenies, sublineages A1 to A3 exhibit a similar composition and geographic distribution. Diverse composition of remaining groups of N and G gene is attributable to different sequences used in the alignments for each genomic region. Glycoprotein amino acid sequence showed molecular markers in sub-lineages A2, A3, A4 and A7. This information provides a better comprehension of molecular epidemiology of rabies, starting with the knowledge of viral lineages circulating in the Brazilian Amazon.
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2014
Haila Chagas Peixoto | Andrea Isabel Estévez Garcia | Sheila Oliveira de Souza Silva | Ofir de Sales Ramos | Lucila Pereira da Silva | Paulo Eduardo Brandão | Leonardo José Richtzenhain
Rabies virus samples (n = 17) isolated from bovines (n = 11), equines (n = 4) and buffalo (n = 2) from Pará State (n = 7), Tocantins (n = 6) and Rondônia (n = 4) were submitted to RT-PCR in order to obtain partial sequences of nucleoprotein (N) and glycoprotein gene (G). Nucleotide sequences were analyzed using Neighbor-Joining model, Kimura 2-parameters evolutionary model. All the 17 samples analyzed were related to cluster A, lineage associated with the hematophagous bat Desmodus rotundus. The phylogenetic analysis based on the N and G genes, suggests the presence of five sub-lineages (A1-A5), while G gene showed seven sub-lineages (A1-A7). In both phylogenies, sublineages A1 to A3 exhibit a similar composition and geographic distribution. Diverse composition of remaining groups of N and G gene is attributable to different sequences used in the alignments for each genomic region. Glycoprotein amino acid sequence showed molecular markers in sub-lineages A2, A3, A4 and A7. This information provides a better comprehension of molecular epidemiology of rabies, starting with the knowledge of viral lineages circulating in the Brazilian Amazon.
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