Transcriptome of pig muscle assessed by Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
2005
Dal Monego, S. (Udine Univ. (Italy). Dipartimento di Scienze Animali) | Pallavicini, A. (Udine Univ. (Italy). Dipartimento di Scienze Animali) | Graziosi, G. (Udine Univ. (Italy). Dipartimento di Scienze Animali) | Stefanon, B. (Udine Univ. (Italy). Dipartimento di Scienze Animali)
英语. [The aim of this research was to study mRNA transcriptome of pig muscle by SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) method, originally developed for human. Longissimus dorsi samples were taken from 9-month old pigs by biopsy and, after extraction of mRNA and retrotranscription to cDNA, were analyzed by SAGE. By the utilized method, libraries of 17 bp tags (LongSAGE) were developed, with a variation of the original protocol, by which 10 bp tags were obtained, too shorts for a correct localization on a not much characterized genome. Furthermore, some adjustments were made to original method, to increase the control among different steps. At the present time, 750 tags corresponding to genes expressed in muscle have been identified; their abundance varied from 1 to 43 pairs of transcripted mRNA. The preliminary results reported in the present study indicate that SAGE method can be efficiently used to associate transcriptome variability with phenotypic traits and to compare different physiological conditions in swine.]
显示更多 [+] 显示较少 [-]意大利语. Lo scopo della ricerca è stato di studiare il profilo trascrizionale di mRNA di muscolo suino adattando il metodo SAGE, sviluppato per l´uomo. Allo scopo, sono stati prelevati dei campioni di longissimus dorsi da suini di 9 mesi mediante biopsia e, dopo estrazione dell´mRNA e retrotrascrizione in cDNA, sono stati analizzati mediante SAGE. Il metodo utilizzato ha previsto la costruzione di librerie di tag a 17 bp (LongSAGE), una variante dell´originale protocollo che produceva tag da 10 bp, troppo corti per la corretta localizzazione su un genoma ancora poco caratterizzato. Inoltre, sono state apportate alcune modifiche alla metodica originale per aumentare il controllo tra le numerose fasi procedurali. Allo stato, sono stati identificati oltre 750 tag corrispondenti a geni espressi nel muscolo, variabili per quantità da 1 a 43 coppie di mRNA trascritto. I risultati preliminari indicano la possibilità di utilizzare il metodo SAGE per gli studi di associazione con i caratteri fenotipici e per confrontare condizioni fisiologiche diverse nel suino
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