Single Nucleotide Polymorphism discovery and genotyping within the chicken Tapasin gene
2005
Sironi, L. (Fondazione Parco Tecnologico Padano, Lodi (Italy)) | Lazzari, B. (Fondazione Parco Tecnologico Padano, Lodi (Italy)) | Cerolini, S. (Milan Univ. (Italy). Dipartimento di Scienze e Tecnologie Veterinarie per la Sicurezza Alimentare) | Mariani, P. (Fondazione Parco Tecnologico Padano, Lodi (Italy))
英语. [Tapasin is a transmembrane protein localized inside the endoplasmic reticulum, whose function is assisting in assembly of antigen peptide on MHC class I molecule. In chick, tapasin gene is constituted by 8 exons and is localized between the two MHC class II classic genes. The aim of this study was the detection of SNP polymorphisms in commercial lines and autochthonous chicken breeds. The analysis of obtained sequences, showing a high homology with the ones of GenBank database, led to the identification of homology with two EST contigs and a sequence mapping on chromosome 16 of chick. Moreover, the analysis by AutoSNP allowed to detect 7 putative polymorphic sites.]
显示更多 [+] 显示较少 [-]意大利语. Tapasin è una proteina transmembrana localizzata nel reticolo endoplasmatico, la cui funzione è quella di permettere il caricamento del peptide antigenico sulla molecola MHC di classe I. Nel pollo il gene tapasin è costituito da 8 esoni ed è localizzato nell´MHC tra i due geni classici di classe II. L´obiettivo del presente lavoro è l´individuazione di polimorfismi SNP in linee commerciali e razze autoctone di pollo. L´analisi delle sequenze ottenute, che mostrano un´elevata omologia con le sequenze già depositate in GenBank, ha portato all´identificazione dell´omologia con due contig EST e con una sequenza che mappa sul cromosoma 16 del pollo. Inoltre, l´analisi mediante il programma AutoSNP ha permesso l´individuazione di 7 siti polimorfici putativi
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