The use of restriction landmark genome scanning (RLGS) for assessment of NotI-site methylation in maize [Zea mays L.]
2005
Kovacevic, N.M. (Aristotle Univ. of Thessaloniki (Greece). Dept. of Genetics and Plant Breeding) | Polidoros, A.N. (Centre for Research and Technology Hellas (CERTH), Thermi (Greece). Inst. of Agrobiotechnology) | Iliopoulos, I. (Centre for Research and Technology Hellas (CERTH), Thermi (Greece). Inst. of Agrobiotechnology) | Tsaftaris, A.S. (Aristotle Univ. of Thessaloniki (Greece). Dept. of Genetics and Plant Breeding)
英语. Epigenetic phenomena and particularly DNA methylation play a significant role in regulating gene expression in eukaryotes. Restriction Landmark Genomic Scanning (RLGS), which in a single assay displays the methylation status of more than a thousand genomic regions containing NotI recognition sites, was used to evaluate the status of global methylation in maize parental inbred lines and hybrids and the effects of density induced stress on the methylation status of a hybrid selected for its stability of performance. Examining the RLGS patterns of two S5 inbreds, it was determined that they differed in total DNA methylation by 20%. Their F1 hybrid displayed methylation patterns similar to its parents for the majority of the detected spots, although some NotI landmarks were genotype-specific. Comparison of the RLGS profile of a stable F1 hybrid grown under low and high planting density (density induced stress) showed that its methylation pattern was influenced by conditions of growth. However, density induced stress caused only a slight increase in the copy number of methylated fragments, indicating that the stable hybrid could be resistant to stress induced methylation changes. Our results suggest that different levels of global genomic DNA methylation might be related to the field performance potential of specific maize inbred lines and hybrids and resistance of the hybrids to methylation changes induced by density stress could be part of hybrid superiority and stability of performance facing different stress conditions
显示更多 [+] 显示较少 [-]意大利语. [I fenomeni epigenetici e in particolare la metilazione del DNA giocano un ruolo significativo nella regolazione dell'espressione genica negli eucarioti. Il Restriction Landmark Genomic Scanning (RLGS), che in un singolo test presenta lo stato della metilazione di più di mille regioni genomiche contenenti i siti di riconoscimento di NotI, è stato utilizzato per valutare la situazione della metilazione globale in linee pure parentali e in ibridi di mais e gli effetti dello stress indotto dalla densità delle piante sulle condizioni di metilazione di un ibrido scelto per la sua stabilità di performance. Esaminando le configurazioni degli RLGS di due linee pure S5, è stato accertato che esse differivano del 20% in termini di metilazione totale del DNA. Il loro ibrido F1 ha evidenziato profili di metilazione simili a quelli dei parentali per la maggioranza delle macchie rilevate, sebbene alcuni dei landmark NotI fossero genotipo-specifici. Il confronto del profilo RLGS di un ibrido F1 allevato a bassa e alta densità di piante (stress indotto da densità) ha dimostrato che il suo profilo di metilazione era influenzato dalle condizioni di crescita. Tuttavia, lo stress indotto da densità causava solo un lieve aumento del numero di copie di frammenti metilati, indicando che l'ibrido stabile potrebbe essere resistente ai cambiamenti della metilazione indotti dallo stress. I nostri risultati fanno ritenere che livelli diversi di metilazione genomica globale del DNA potrebbero essere correlati con il potenziale della performance di campo di linee pure di mais e ibridi specifici e che la resistenza degli ibridi ai cambiamenti della metilazione potrebbe essere parte della superiorità dell'ibrido e della sua stabilità di performance nei confronti di condizioni diverse di stress.]
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