Consensus quantitative trait maps in maize: a database strategy [Zea mays L.]
2006
Schaeffer, M. | Byrne, P. | Coe Jr, E.H.
英语. Experimenters who seek to apply the many and diverse studies on quantitative trait loci (QTL) face complex problems in summarizing, interrelating and integrating them. We report a strategy for consensus QTL maps that leverage the highly accurate data in MaizeGDB, in particular the numerous QTL studies and maps that are integrated with other genome data on a common coordinate system. In addition, we exploit a systematic QTL nomenclature and a hierarchical categorization of over 400 maize traits developed in the mid 90's; the main nodes of the hierarchy are aligned with the trait ontology at Gramene, a comparative mapping database for cereals. Consensus maps are presented for one trait category, insect response (80 QTL), and two traits, grain yield (71 QTL) and kernel weight (113 QTL), representing over 20 separate QTL map sets of 10 chromosomes each. The strategy is germplasm-independent and reflects any trait relationships that may be chosen. Whether the goal of the experimenter is to understand processes of growth, development or stress response, to define and isolate genes specific to traits or to mark QTL segments for selection in maize improvement, the elements of the strategy can be applied equally well
显示更多 [+] 显示较少 [-]意大利语. [Gli sperimentatori che cercano di applicare i molti e differenti studi sui loci di caratteri quantitativi (QTL) si trovano di fronte a problemi complessi nel sintetizzare, mettere in relazione e integrare gli stessi. Riferiamo su una strategia per mettere a punto mappe di consenso sui QTL che utilizzano i dati altamente accurati contenuti in MaizeGDB, in particolare i numerosi studi e mappe sui QTL che sono integrati con altri dati genomici in un sistema coordinato comune. Inoltre, sfruttiamo una nomenclatura sistematica dei QTL e una categorizzazione gerarchica di più di 400 caratteri sviluppata alla metà degli anni '90; i principali livelli della gerarchia sono allineati con l'ontologia dei caratteri in Gramene, una base di dati di mappatura comparativa per i cereali. Sono presentate le mappe di consenso per una categoria di caratteri, risposta agli insetti (80 QTL), e due caratteri, resa in granella (71 QTL) e peso delle cariossidi (113 QTL), rappresentanti più di 20 set separati di mappe QTL di 10 cromosomi ognuna. La strategia è indipendente dal germoplasma e riflette ogni rapporto fra caratteri che può essere scelto. Gli elementi della strategia possono essere applicati ugualmente bene, sia che l'obiettivo dello sperimentatore sia comprendere processi di crescita, sviluppo o risposta allo stress, sia definire o isolare geni specifici per caratteri o marcare segmenti di QTL per la selezione nel miglioramento genetico del mais.]
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