Molecular identification and characterization of Colletotrichum sp. isolates from Tahiti lime, tamarillo, and mango

英语. Anthracnose is a very limiting disease affecting production, as well as postharvest quality of numerous fruit crops in Colombia. The current management practices for this disease are partially effective due to limited information about the etiology, the inoculum sources, population structure and variation of the pathogen. A total of 293 Colletotrichum isolates were obtained from symptomatic tissues collected from Tahiti lime, tamarillo and mango orchards. To determine the Colletotrichum species causing the symptoms, amplification, and PCR product analysis for intergenic regions of the ribosomal DNA were conducted. Genetic diversity of the fungal population was assessed with Random Amplified Microsatellites (RAMS). Results of this study indicated that anthracnose in Tahiti lime and tamarillo are caused by Colletotrichun acutatum whereas symptoms on mango were induced by the species Colletotrichum gloeosporioides, which was also fund in few citrus samples. RAMS data analysis indicated the existence of two distinct species groups, with a low similarity index (35%). RAM profiles also showed a clear host differentiation of isolates. The C. acutatum population originated from tamarillo exhibited a narrow and homogeneous genetic base, while the C. acutatum population from Tahiti lime was more heterogeneous and genetically complex, as determined by the analysis of molecular variance (AMOVA) and of Ni-Li coefficient. The C. gloeosporioides population originated from mango and Tahiti lime was heterogeneous and highly diverse, with clear host differentiation according to RAM profiles. Collectively, the results from this study provide new insight into the general characteristics of Colletotrichum populations on various hosts; this type of knowledge will prove useful in designing more effective management practices.Keywords : anthracnose; specific primers; genetic variability; RAMS; C. acutatum; C. gloeosporioides.

西班牙语; 卡斯蒂利亚语. La antracnosis es una enfermedad limitante para la producción y comercialización de diversos frutales cultivados en Colombia, y su manejo es deficiente, en parte por el desconocimiento de las especies implicadas, sus fuentes de inoculo y su estructura poblacional, y los niveles de variación del patógeno. Fueron utilizados 293 aislamientos obtenidos de tejidos con síntomas de antracnosis en cultivos de lima Tahití, tomate de árbol y mango para identificar las especies de Colletotrichum asociadas a la enfermedad, mediante la amplificación y el análisis de las regiones intergénicas del ADN ribosomal. Posteriormente, se evaluó la diversidad genética de la población mediante el uso de datos moleculares generados con marcadores tipo RAMS. Se identificó la especie C. acutatum en lima Tahití y tomate de árbol y C. gloeosporioides en mango y lima Tahití. En el análisis de variabilidad se detectaron dos grupos correspondientes a las especies C. acutatum y C. gloeosporioides (similitud de 35%). En general, ambos grupos de Colletotrichum se caracterizaron por presentar diferenciación por hospedero. En la población de C. acutatum de tomate de árbol se encontró una base genética estrecha y homogénea, mientras que la población de lima Tahití fue medianamente heterogénea y compleja de acuerdo con el análisis de varianza molecular y el coeficiente Ni-Li. La población de C. gloeosporioides de lima Tahití y mango se encontró heterogénea y altamente diversa. En general, para toda la población analizada se observó una agrupación acorde con el hospedero de origen. Los resultados obtenidos en este estudio proporcionan un primer acercamiento en la caracterización del patógeno en estos hospedantes contribuyendo al diseño de estrategias de manejo más efectivas. Keywords : antracnosis; cebadores específicos; variabilidad genética; RAMS; C. acutatum; C. gloeosporioides.