Vers une optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques
2011
Plassart , Pierre (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Terrat , Sébastien (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Lelievre , Mélanie (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Regnier , Tiffanie (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Dequiedt , Samuel (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Thomson , Bruce (Centre for Ecology and Hydrology, Wallingford, Oxfordshire(Royaume Uni). Maclean Building, Benson Lane, Crowmarsh Gifford) | Griffiths , Robert (Centre for Ecology and Hydrology, Wallingford, Oxfordshire(Royaume Uni). Maclean Building, Benson Lane, Crowmarsh Gifford) | Bailey , Mark (Centre for Ecology and Hydrology, Wallingford, Oxfordshire(Royaume Uni). Maclean Building, Benson Lane, Crowmarsh Gifford) | Mougel , Christophe (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Lemanceau , Philippe (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement) | Ranjard , Lionel (INRA , Dijon (France). UMR 1229 Microbiologie du Sol et de l'Environnement)
Depuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN des sols sont disponibles et certaines sont mêmes standardisées (norme ISO 11063). Ces différentes techniques sont généralement basées sur une étape de lyse physique et de lyse chimique et sont surtout adaptées aux outils moléculaires de type qPCR et empreintes moléculaires. Le développement récent des techniques de séquençage massif parallèle (pyroséquençage 454), qui permettent d’aborder des inventaires taxonomiques précis et représentatifs, nous conduit à revisiter les biais associés à ces procédures d’extraction d’ADN. L’objectif de cette étude est de définir le protocole d’extraction d’ADN du sol le plus approprié pour accéder au maximum de diversité microbienne tellurique. Dans ce contexte, différentes procédures sont testées (dont la norme ISO) sur 5 sols différents de par leurs propriétés physicochimiques et leur mode d’usage. La qualité des ADN extraits selon ces différents protocoles est évaluée en termes de rendement d’extraction, d’abondance (biomasse moléculaire par qPCR) et de diversité (pyroséquençage 454 des gènes ribosomiques) des communautés bactériennes et fongiques. L’analyse des différents résultats permet de définir le protocole le mieux adapté pour accéder à la meilleure représentativité de la diversité des communautés microbiennes telluriques.
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