Mitochondrial DNA tRNALeu and tRNASer polymorphism in different pig breeds | Полиморфизм тРНКLeu и тРНКSer митохондриальной ДНК свиней различных пород

英语. Analysis of the sequence of mitochondrial DNA (mtDNA), which has a maternal nature of inheritance, is an effective way of assessing the individual characteristics of commercial lines. The analysis of the sequence variability of the mtDNA tRNASer and tRNALeu genes in different pig breeds was carried out. The mtDNA tRNALeu1, tRNALeu2, tRNASer1, tRNASer2 genes were chosen as the study objects. For the study of the sequences, data on pigs of different breeds were selected from the National Center for Biotechnological Information (NCBI). Alignment of nucleotide sequences was performed using the BioEdit program. Sequence analysis showed the presence of polymorphisms in all studied genes. A total of 6 polymorphic sites are established, which are represented by transitions. Analysis of the gene tRNALeu1 showed the presence of A3892G substitution. The polymorphism A3892G in the Chinese Wuzhishan and Japanese Luchuan pigs was determined in the tRNALeu1 gene, and polymorphism C3907T was determined in the Swedish wild boar. Many of the pigs studied had a simultaneous presence of 2 A12879G and C12883T transitions in the tRNA Leu2 gene. One transition of A8103G in the tRNASer1 gene was established in Large White pigs of Korean breeding. The polymorphism of the tRNASer2 gene is represented by the translation of T12838C into the Italian wild boar. The highest number of polymorphisms was determined in Large White of Korean and Chinese breeding, as well as in the Italian wild boar. The study of mtDNA polymorphism will allow establishing associative links and developing mtDNA markers that can be used in programs for improving and creating breeding resources in pig breeding.

俄语. Анализ последовательности митохондриальной ДНК (мтДНК), имеющей материнский характер наследования, служит эффективным способом оценки индивидуальных особенностей коммерческих линий. В работе проведен анализ вариабельности последовательностей генов тРНКSer и тРНКLeu мтДНК у свиней различных пород. В качестве объектов исследования были выбраны гены мтДНК тРНКLeu1, тРНКLeu2, tRNASer1, tRNASer2. Для изучения последовательностей из базы National Center for Biotechnological Information (NCBI) были выбраны данные по свиньям различных пород. Выравнивание нуклеотидных последовательностей проводили с использованием программы BioEdit. Анализ последовательностей показал наличие полиморфизмов во всех изучаемых генах. Всего установлено 6 полиморфных сайтов, которые представлены транзициями. Анализ гена тРНКLeu1 показал наличие замены A/G в позиции 3892 п.н. у свиней китайской селекции породы Wuzhishan и свиней японской селекции Luchuan, а также замены С/T в позиции 3907 п.н. у шведского дикого кабана. По гену тРНКLeu2 у большинства исследуемых пород отмечено одновременное присутствие 2-х транзиций в позиции 12879 п.н., что обуславливает замену А/G и в позиции 12883 п.н. и соответствует замене С/Т. В результате исследований по гену тРНКSer1 установлено наличие одной транзиции А/G в позиции 8103 п.н. у свиней крупной белой породы корейской селекции. Полиморфизм гена тРНКSer2 представлен трансзицией Т/С в позиции 12838 п.н. у итальянского дикого кабана. Наибольшее количество полиморфизмов встречалось у свиней крупной белой породы корейской и китайской селекции, а также у представителей итальянского дикого кабана. Изучение полиморфизма мтДНК племенных свиней позволит установить возможные ассоциативные связи и разработать мтДНК-маркеры, которые могут быть использованы в программах по совершенствованию и созданию племенных ресурсов в свиноводстве.