Analysis of repeated compound units in ORF94 of white spot syndrome virus isolated from Litopenaeus vannamei from outbreak and non-outbreak shrimp farms in Sonora, Mexico
2016
Rodríguez-Anaya, Libia Z(Instituto Tecnológico de Sonora Departamento de Biotecnología y Ciencias Alimentarias Programa de Doctorado en Ciencias en Especialidad en Biotecnología) | Ibarra-Gámez, José Cuauhtémoc(Instituto Tecnológico de Sonora Departamento de Biotecnología y Ciencias Alimentarias Programa de Doctorado en Ciencias en Especialidad en Biotecnología) | Lares-Villa, Fernando(Instituto Tecnológico de Sonora Departamento de Biotecnología y Ciencias Alimentarias Programa de Doctorado en Ciencias en Especialidad en Biotecnología) | Casillas-Hernández, Ramón(Instituto Tecnológico de Sonora Departamento de Biotecnología y Ciencias Alimentarias Programa de Doctorado en Ciencias en Especialidad en Biotecnología) | Sánchez-Flores, Alejandro(Universidad Nacional Autónoma de México Instituto de Biotecnología Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática) | Reyes González-Galaviz, José(Instituto Tecnológico de Sonora Departamento de Ciencias Agronómicas y Veterinarias)
西班牙语; 卡斯蒂利亚语. El virus del síndrome de la mancha blanca (VSMB) es un patógeno viral que impacta negativamente la producción de camarón de cultivo. En Sonora, el cultivo de camarón Litopenaeus vannamei disminuyó un 50% durante el período 2010-2012 debido a las mortalidades ocasionadas por la presencia del VSMB. El ORF94 es una región minisatélite muy usada para determinar la variabilidad genómica del virus. Varios estudios han sugerido una correlación entre sus unidades repetidas (UR) y la virulencia de VSMB: a menor UR (<9) mayor frecuencia de mortalidad. Para soportar esta hipótesis, se analizaron camarones de ocho ciclos de cultivo y se identificaron variantes del VSMB presente en cada uno de los ciclos. En ciclos con mortalidades masivas se notó la presencia de UR <8 con una dominancia de 3 UR en los últimos cuatro años. Aunque no está muy claro, la interacción VSMB-hospedero y como afectan los parámetros ambientales de las granjas en la transición de la sola presencia del VSMB a causar mortalidades masivas, estos resultados son solo un avance en el entendimiento de como una infección por el virus puede ocasionar un brote de la enfermedad con mortalidades masivas.
显示更多 [+] 显示较少 [-]英语. White spot syndrome virus (WSSV) is the viral pathogen with the most negative impact on shrimp farming. In Sonora, Litopenaeus vannamei culture has decreased 50% during 2010-2012 due to WSSV outbreaks. The ORF94 has proven to be most useful for the analysis of WSSV variability. Several studies have suggested a correlation between its Repeat Units (RUs) and WSSV virulence as follows: the fewer RUs (<9) the higher mortality rate. In order to support this, we analyzed shrimps from eight farm periods and identified the WSSV-variety present in each one. In outbreaks, the presence of <8 RUs with a dominance of 3 RUs was notable in the last four years. Although it is still not clear how host-virus interactions and pond's environment affect the transition of the infection just from the presence of the virus in shrimps to an outbreak, these results are a step forward in understanding the pond status and ways of predicting the likelihood of a WSSV infection becoming an outbreak.
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