The value of using probabilities of gene origin to measure genetic variability in a population

L’évolution de la consanguinité est le paramètre classiquement utilisé pour mesurer l’évolution de la variabilité génétique d’une population. Toutefois, elle ne traduit que tardivement les choix de sélection, et elle est très sensible à une connaissance imparfaite des généalogies. Trois paramètres dérivés des probabilités d’origine de gène peuvent constituer une alternative intéressante et complémentaire. Deux de ces paramètres, le nombre de fondateurs efficaces et le nombre restant de génomes fondateurs, sont utilisés couramment dans les populations sauvages mais sont peu connus des sélectionneurs. Une troisième méthode, développée dans cet article, vise à estimer le nombre d’ancêtres efficaces en prenant en compte les goulots d’étranglement dans les généalogies. Ces paramètres sont illustrés avec des exemples simples, une population simulée et trois grandes populations bovines françaises. Leurs propriétés, leur relation avec l’effectif génétique et leurs possibilités d’application sont discutées.

The increase in inbreeding can be used to derive the realized effective size of a population. However, this method reflects mainly long term effects of selection choices and is very sensitive to incomplete pedigree information. Three parameters derived from the probabilities of gene origin could be a valuable and complementary alternative. Two of these parameters, the effective number of founders and the effective number of remaining founder genomes, are commonly used in wild populations but are less frequently used by animal breeders. The third method, developed in this paper, provides an effective number of ancestors, accounting for the bottlenecks in a pedigree. These parameters are illustrated and compared with simple examples, in a simulated population, and in three large French bovine populations. Their properties, their relationship with the effective population size, and their possible applications are discussed.