Impact du régime alimentaire sur la dynamique structurale et fonctionnelle du microbiote intestinal humain

Nutritionists and gastroenterologists agree to admit that intestinal microbiota determines many host functions and plays an important role in the digestive well being. Understanding how our diet alters the structure and functions of intestinal microbiota is essential to know in turn its impact on our health. The species consortium of adult's intestinal microbiota appears specific to the individual. This seems a paradox since there are homogeneous physiological functions of the intestinal ecosystem such as dietary fiber degradation. From a molecular inventory, based on 16S rRNA genes from 17 healthy volunteers with different diets, it indeed appeared that most phylotypes were specific of the individual. However, 2% of the phylotypes were shared by more than 50% of individuals and represented 35.5% of the sequences obtained. This small and limited number of phylotypes constitutes an intestinal microbiota phylogenetic core and its role appears critical for digestive well-being. As part of a clinical study on healthy volunteers, involving two controlled diets varying according to fiber content, a microbiomics approach showed that the structural and functional dynamics of the microbiota could be modified within five days. Moreover, unexpectedly, the intestinal microbiota structure remained under the influence of the diet for at least 15 days after its administration. These results open new perspectives for future nutrition and epidemiology investigations.

Nutritionnistes et gastroentérologues s'accordent pour admettre que le microbiote intestinal conditionne de nombreuses fonctions de l'hôte et joue un rôle important dans le bien-être digestif. Comprendre comment notre régime alimentaire modifie la structure et les fonctions du microbiote intestinal est essentiel afin de connaître en retour son impact sur notre santé.Le consortium d'espèces du microbiote intestinal de l'Homme adulte apparaît spécifique de l'individu. Ceci constitue un paradoxe dans la mesure où il existe une grande homogénéité fonctionnelle de l'écosystème intestinal quant à sa fonction physiologique de dégradation des fibres alimentaires. A partir d'un inventaire moléculaire basé sur le gène de l'ARNr 16S à partir de 17 volontaires sains ayant des régimes alimentaires variés, il apparaît en effet que la plupart des phylotypes sont spécifiques de l'individu. Néanmoins, 2% des phylotypes sont partagés par plus de 50% des individus représentant 35,5% des séquences obtenues. Ce petit nombre limité de phylotypes constituerait le noyau phylogénétique du microbiote intestinal et son rôle apparaît critique dans le bien-être digestif.Dans le cadre d'une étude clinique sur volontaires sains, impliquant deux régimes alimentaires contrôlés variant selon la teneur en fibres, une approche microbiomique a montré que la dynamique structurale et fonctionnelle du microbiote pouvait être modifiée en cinq jours. De plus, il a été montré que la structure du microbiote intestinal restait sous influence du régime alimentaire administré au moins 15 jours auparavant. Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives pour de futures investigations nutritionnelles et épidémiologique.