Combining RADseq and contact zone analysis to decipher cryptic diversification in reptiles: Insights from the Spiny‐footed Lizard (Reptilia, Lacertidae)
2024
Doniol-Valcroze, Paul | Rancilhac, Loïs | Brito, José Carlos | Miralles, Aurélien | Geniez, Philippe | Benoit, Laure | Loiseau, Anne | Leblois, Raphaël | Dufresnes, Christophe | Crochet, Pierre-André | Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE) ; Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE) ; Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Zoological Institute ; Technische Universität Braunschweig = Technical University of Braunschweig [Braunschweig] | Evolutionary Biology Centre (EBC) ; Uppsala University | Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos [Vairao] (CIBIO) ; Universidade do Porto = University of Porto | Program in Genomics, Biodiversity and Land Planning (BIOPOLIS) | Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB) ; Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE) ; Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA) | Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Nanjing Forestry University (NFU) | College of Biology and the Environment (LASER) | Research conducted in the scope of the LIA ‘Biodiversity and Evolution’. R.L. and P.-A.C. were supported by the Agence Nationale de la Recherche (MOHMIE, ANR-09-PEXT-0004, and INTROSPEC, ANR-19-CE02-0011) and the LabEx CeMEB (ANR-10-LABX-0004). R.L. was also supported by the project GENOSPACE (ANR-16-CE02-0008) and by recurrent funding from INRAE. A.M. was supported by the Agence Nationale de la Recherche (MOHMIE, ANR-09-PEXT-0004). | Montpellier Bioinformatics Biodiversity (MBB, supported by the LabEx CeMEB) | CBGP HPC Platform | ANR-09-PEXT-0004,Mohmie,Influence de l'installation des hommes modernes au Maroc sur l'évolution de la biodiversité des petits vertébrés terrestres(2009) | ANR-19-CE02-0011,IntroSpec,Impact génomique et causes évolutives de l'introgression aux stades avancés de la spéciation(2019) | ANR-10-LABX-0004,CeMEB,Mediterranean Center for Environment and Biodiversity(2010) | ANR-16-CE02-0008,GenoSpace,Nouveaux outils statistiques pour l'analyse spatiale des données génétiques(2016)
International audience
显示更多 [+] 显示较少 [-]英语. Uncertainties on species taxonomy and distribution are major factors hampering efficient conservation planning in the current context of biodiversity erosion, even concerning widespread and abundant species in relatively well‐studied regions. Species delimitation have long been based on phylogenetic analyses of a small number of standard markers, but accurate lineage identification through this approach can be hampered by incomplete lineage sorting, introgression or isolation by distance. In that context, analyses of introgression patterns at secondary contact zones offer an interesting alternative by allowing a direct estimation of reproductive isolation, especially when using genome‐wide markers. Here, we investigated a contact zone between two genetic groups of the Spiny‐footed Lizard Acanthodactylus erythrurus (Schinz, 1833) in Morocco, whose status as separate lineages remained disputed in previous multilocus studies. Based on thousands of genome‐wide markers obtained through a RADseq approach, we confirmed that they represent distinct evolutionary lineages. Furthermore, the transition at their contact zone was very steep, with spatially restricted gene flow, highlighting levels of reproductive isolation consistent with species‐level lineages. Our study further illustrates the power of RADseq‐based studies of contact zones to understand cryptic diversity in non‐model organisms.
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