Seed microbiota revealed by a large-scale meta-analysis including 50 plant species
2022
Simonin, Marie | Briand, Martial | Chesneau, Guillaume | Rochefort, Aude | Marais, Coralie | Sarniguet, Alain | Barret, Matthieu | Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) ; Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | IRHS - Équipe EmerSys (Emergence, Systématique et Ecologie des Bactéries associées aux Plantes) (IRHS-EMERSYS) ; Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) ; Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | OSMOSE project funded byregional program ‘Objectif Vegetal, Research, Education and Innovation in Pays de la Loire’ (French Region Pays de la Loire, Angers Loire Metropole and the European Regional Development Fund). USDA 2019-67019-29305. The P10037INRAE–Metaomics and Ecosystems Metaprogram, Plant Health division. | ANR-20-PCPA-0009,SUCSEED,Stop the Use of pestiCides in seeds(2020)
International audience
显示更多 [+] 显示较少 [-]英语. Seed microbiota constitutes a primary inoculum for plants that is gaining attention owing to its role for plant health and productivity. Here, we performed a meta-analysis on 63 seed microbiota studies covering 50 plant species to synthesize knowledge on the diversity of this habitat. Seed microbiota are diverse and extremely variable, with taxa richness varying from one to thousands of taxa. Hence, seed microbiota presents a variable (i.e. flexible) microbial fraction but we also identified a stable (i.e. core) fraction across samples. Around 30 bacterial and fungal taxa are present in most plant species and in samples from all over the world. Core taxa, such as Pantoea agglomerans, Pseudomonas viridiflava, P. fluorescens, Cladosporium perangustum and Alternaria sp., are dominant seed taxa. The characterization of the core and flexible seed microbiota provided here will help uncover seed microbiota roles for plant health and design effective microbiome engineering.
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