Acercamiento a la detección de virus sugarcane yellow leaf virus y sus variantes genómicas utilizando diferentes cebadores en prueba molecular RT-PCR en cultivos de Saccharum officinarum en el valle del rio Cauca.

La hoja amarilla en el cultivo de caña de azúcar es una enfermedad sistémica causada por el virus Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) perteneciente al género Polerovirus de la familia Luteoviridae; considerada como una enfermedad de gran importancia en zonas productoras de caña de azúcar debido a la afectación en el desarrollo y productividad de biomasa y sacarosa. Por tal motivo es importante la detección de este patógeno en cultivas destinados para multiplicación (semilleros) con el objetivo de implementar estrategias para evitar la propagación de este virus al momento de establecer cultivares comerciales. Sin embargo, al haber variedades de caña de azúcar asintomáticas a esta enfermedad y la presencia de diferentes variantes de este patógeno, es necesario contar con una técnica como la RT-PCR con cebadores altamente sensibles. El siguiente trabajo tuvo como propósito evaluar la sensibilidad de cinco pares de cebadores que abarcan diferentes regiones del genoma de virus Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) por medio de la técnica Reacción en cadenas de polimerasa con Transcripción Reversa (RT-PCR), para ello se seleccionaron 130 muestras (cada muestra compuesta por 20 hojas) provenientes de diferentes cultivares comerciales y semilleros ubicados a lo largo del valle del rio Cauca. La detección del virus se realizó primeramente por medio de la técnica inmunoensayo tisular (TBIA) para asegurarnos que eran positivas y luego por Reacción en cadenas de polimerasa con Transcripción Reversa (RT-PCR) con cada par de cebadores a las 130 muestras. Luego se seleccionaron 12 muestras para enviar a secuencias y conocer el porcentaje de identidad de nuestras secuencias comparadas con 10 accesiones correspondientes a las secuencias genómicas completas de las variantes del virus, publicados en GenBank. Los cebadores con mayor sensibilidad fueron los FM 323/FM 359 con el 99,2% de detección, seguido de los cebadores YLS 111/YLS 462 con el 87,6% de detección; no se logró la detección del patógeno con los cebadores B-FOR/B-REV con los diferentes perfiles de amplificación que se programaron.

The yellow leaf in sugarcane croops is a systemic disease caused by the Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) belonging to the genus Polerovirus of the Luteoviridae family; considered as a disease of great importance in sugarcane producing areas due to the effect on the development and productivity of biomass and sucrose. For this reason, it is important to detect this pathogen in crops intended for multiplication (seedbeds) in order to implement strategies to prevent the spread of this virus when establishing commercial cultivars. However, as there are varieties of sugarcane asymptomatic to this disease and the presence of different variants of this pathogen, it is necessary to have a technique such as RT-PCR with highly sensitive primers. The purpose of the present work was to evaluate the sensitivity of five pairs of primers that cover different regions of the Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) genome by means of the Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) technique. 130 samples were selected (each sample composed of 20 leaves) from different commercial cultivars and seedbeds located along the Cauca river valley. The detection of the virus was carried out first by means of the tissue immunoassay technique (TBIA) to ensure that they were positive and then by Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) with each pair of primers to the 130 samples. Then 12 samples were selected to send to sequences and to know the percentage of identity of our sequences compared with 10 accessions corresponding to the complete genomic sequences of the virus variants published in GenBank. The primers with the highest sensitivity were the FM 323 / FM 359 with 99.2% detection, followed by the YLS 111 / YLS 462 primers with 87.6% detection; The detection of the pathogen was not achieved with the primers B-FOR / B-REV with the different amplification profiles that were programmed.