GSpace: an exact coalescence simulator of recombining genomes under isolation by distance
2021
Virgoulay, Thimothée | Rousset, François | Noûs, Camille | Leblois, Raphaël | Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE) ; Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | Laboratoire Cogitamus = Cogitamus Laboratory | This work used the following HPC platforms: INRA MIGALE (http://migale.jouy.inra.fr) and GENOTOUL (Toulouse Midi-Pyre ' ne ' es), Montpellier Bioinformatics Biodiversity supported by the LabEx CeMEB (ANR-10LABX-04-01), and CBGP host platform. All authors were supported by the Agence Nationale de la Recherche (RL & TV: projects GENOSPACE ANR16-CE02-0008 and Labex CeMEB ProLag; FR & RL: project INTROSPEC ANR-19-CE02-0011). | ANR-16-CE02-0008,GenoSpace,Nouveaux outils statistiques pour l'analyse spatiale des données génétiques(2016) | ANR-10-LABX-0004,CeMEB,Mediterranean Center for Environment and Biodiversity(2010) | ANR-19-CE02-0011,IntroSpec,Impact génomique et causes évolutives de l'introgression aux stades avancés de la spéciation(2019)
International audience
显示更多 [+] 显示较少 [-]英语. Motivation: Simulation-based inference can bypass the limitations of statistical methods based on analytical approximations, but software allowing simulation of structured population genetic data without the classical n-coalescent approximations (such as those following from assuming large population size) are scarce or slow.Results: We present GSpace, a simulator for genomic data, based on a generation-by-generation coalescence algorithm taking into account small population size, recombination, and isolation by distance.Availability and implementation: Freely available at site web INRAe (http://www1.montpellier.inra.fr/CBGP/software/gspace/download.html).
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