Ecologia do género Mycobacterium na região do Tâmega e Sousa e as suas implicações na saúde humana

Mestrado em Biologia Clínica Laboratorial, Relatório de Estágio

O Centro Hospitalar do Tâmega e Sousa presta serviços à população da região do Vale do Sousa e Baixo Tâmega, que abrange doze concelhos da zona Norte. Neste centro hospitalar existe o Serviço de Patologia Clínica que engloba diferentes setores. O presente relatório foi maioritariamente realizado no setor de Microbiologia e Biologia Molecular, processando e analisando amostras que chegavam para exame micobacteriológico e pesquisa de bacilos álcool-ácido resistentes. As amostras eram de diferentes tipos, havendo amostras respiratórias como secreções, lavados brônquicos e bronco-alveolares, e outras não respiratórias como líquidos, pus, urinas, sucos gástricos. As amostras eram processadas para exame cultural e exame direto, para complementar em alguns casos foi feita pesquisa de DNA de Mycobacterium tuberculosis complex e resistência à rifampicina, pesquisa do antigénio MPT64. No caso de um exame cultural positivo, um exame direto negativo e a pesquisa de antigénio MPT64 dar negativo, a amostra foi passada para o meio gelose de Columbia (5% de sangue de carneiro) e preparadas duas lâminas por amostra para coloração pela Auramina. Os positivos enviados para o Hospital de São João, para fazer identificação por deteção do antigénio MPT64, num teste imunocromatográfico, e visualização da lâmina corada por método de Kinyoun e/ou por utilização de sondas GenoType. Eventualmente, nos casos onde a cultura foi identificada como M. tuberculosis e na ausência da inquinação da amostra, foi feito o teste de suscetibilidade aos antibacilares. Eventualmente, nos casos onde a cultura foi identificada como M. tuberculosis e na ausência de inquinação da amostra, foi feito o teste de suscetibilidade aos antibacilares. O período de um ano, entre 1 de março de 2021 a 31 de março de 2022, foi analisado e contabilizados os casos positivos, negativos, contaminados para exame cultural e positivos negativos e duvidosos para exame direto. Os positivos foram classificados por idade, sexo, espécie de Mycobacterium isolada, sensibilidades e/ou resistências dessas espécies a antibióticos de primeira linha utilizados no tratamento da tuberculose. No caso dos positivos, foram ainda analisados os processos clínicos de modo a perceber quais as comorbilidades mais comuns e os fatores de risco a que estiveram expostos na região do Tâmega e Sousa. Os dados obtidos para esta região foram comparados com os dados de anos anteriores publicados pela Direção Geral de Saúde.

The Centro Hospitalar do Tâmega e Sousa provides services to the population of the Vale do Sousa and Baixo Tâmega region, which covers twelve municipalities in the North. In this hospital there is the Clinical Pathology Service that covers different sectors. The present report was mainly carried out in the Microbiology and Molecular Biology sectors, processing and analyzing samples that arrived for mycobacteriological examination and research for alcohol-acid bacilli resistance. The samples were of different types, with respiratory samples such as secretions, bronchial and broncho-alveolar lavages, and other non-respiratory samples such as liquids, urine, gastric juices. The samples were processed for direct and cultural examination, and, in some cases, complemented with DNA detection for Mycobacterium tuberculosis and resistance to rifampicin, MPT64 antigen research. In case of a positive culture test, a negative direct exam, and the MPT64 antigen was negative, the sample was transferred to Columbia agar medium (5% sheep blood) and two slides per sample prepared for Auramine staining. The positives were sent to hospital of São João, for identification by detection of the MPT64 antigen, in an immunochromatographic test and visualization of the slide stained using Kinyoun method and/or using GenoType probes. Eventually, in cases where the culture was identified as M. tuberculosis and in the absence of sample contamination, a test of susceptibility to antibiotics was performed. The one-year period, from March 2021 to March 2022, was analyzed and counted the positive, negative, and contaminated cases for cultural exam and positive, negative, and dubious for direct exam were calculated. Positives were classified by age, sex, Mycobacterium species isolated, sensibilities and/or resistance of these species to first-line antibiotics used in the treatment of tuberculosis. In the case of positives, clinical processes were also analyzed in order to understand which are the most common comorbilities and risk factors to which they were exposed to in the region of Tâmega e Sousa. The data obtained for this region were compared with data from previous years published by Direção Geral de Saúde.