شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی
2024
الهام یعقوبی | محمد دادپسند | حامد خراتی کوپایی
هدف این پژوهش، شناسایی واریانتهای ژنتیکی مرتبط با مسیریابی در کبوتر بود. دادههای ترنسکریپتوم (هشت نمونه) مربوط به هیپوکمپ کبوترهای چاهی (دارای توان مسیریابی ضعیف) و پلاکی (دارای توان مسیریابی مطلوب) از پایگاه EBI با شماره دسترسی PRJNA532674دانلود شد. کنترل کیفیت دادهها، نقشهگذاری دادهها و شناسایی واریانتهای ژنتیکی متفاوت بین دو گروه چاهی و پلاکی با نرمافزار CLC Genomics workbench (12) انجام شد. حدود دو میلیون واریانت ژنتیکی برای هشت نمونه شناسایی شد، که 2800 واریانت ژنتیکی بین دو گروه متفاوت بود. نقش عملکردی واریانتهای متفاوت، با تجزیه هستیشناسی بهوسیله ابزار VEP در پایگاه Ensembl در سطح معنیداری پنج درصد انجام شد. نتایج تجزیه هستیشناسی نشان داد که واریانتهای متفاوت با ژن LDHA در ارتباط هستند. این ژن با کد کردن آنزیم لاکتات دهیدروژناز A در قدرت پروازی و سوخت و ساز بیهوازی سلولها دارای اهمیت است. پرندگان با نسخه جهشیافته ژن LDHAعملکرد بهتری در مسابقات برای قدرت پرواز و مسیریابی دارند. یکی دیگر از نتایج این پژوهش، مرتبط بودن واریانت های ژنتیکی با ژن DRD4 بود که در کنترل الگوهای رفتاری، حافظه و یادگیری حائز اهمیت است. مسیرهای سوخت و ساز پروتئینها نیز یکی از نتایج مهم این پژوهش بود زیرا پروتئینها دارای نقش اساسی در تمایز سلولهای سیستم عصبی هستند. برای نمونه، پروتئین Ubiquitin با نشاندار کردن سایر پروتئینها بهعنوان پیامرسان برای پروتئازها عمل میکند و عمل هضم پروتئینهای ناکارآمد را در سلول تسهیل میکند. همچنین، این پروتئین دارای نقش تنظیمی برای فعالیت سایر پروتئینها است.
显示更多 [+] 显示较少 [-]