پیش بینی و تایید in silico ریزRNA ها در بافت های مختلف گوسفند با منشا کروموزوم20
2019
وحیده عباسی | محمد رضا نصیری | علی جوادمنش
در سالهای اخیر با روشنشدن اهمیت ریزRNAها در فرآیندهای حیاتی بدن موجودات زنده، شناسایی ژنهای ریزRNA اهمیت زیادی پیدا کردهاست از سویی دیگر روشهای بیوانفورماتیکی نیز گسترش یافته و سبب شده تا روند شناسایی ریزRNAها با سرعت بیشتر و هزینهی کمتری پیش برود. تحقیقات در سالهای اخیر بر روی گونههای زیادی از جمله انسان و موش و همچنین حیوانات اهلی از قبیل گاو و بز و مرغ باعثشده تا در این گونهها ریزRNAهای زیادی گزارش شود با این حال در گونهی گوسفند هنوز اطلاعات نسبتا کمی وجود دارد. در این مطالعه پس از پیشبینی ریزRNAهای کروموزوم 20 گوسفند، جهت تایید با اورتولوگها در سایر گونهها مقایسه و در نهایت برای بررسی بیان از دادههای ترنسکریپتوم گوسفند استفاده شد همچنین در این تحقیق برای ارزیابی روش مورد استفاده از دادههای شاهد مثبت استفاده شد. با استفاده از این روش در کل 400 ریز RNA و از این تعداد 81 ریزRNA جدید در کروموزوم 20 گوسفند پیشبینی شدند. بررسی ترنسکریپتوم نشان داد که از این تعداد 33 ریزRNA فقط در بافت عضله، 10 ریزRNA فقط در بافت کبد، 35 ریزRNA در هر دو بافت کبد و ماهیچه و 3 ریزRNA نیز در مخلوط بافتهای قلب، کلیه، مغز، تخمدان، پوست، چربی سفید و ریه بیان شدند. مقایسه با پایگاه داده miRbase مشخص کرد که تعداد 64 ریزRNA از ریزRNAهای پیدا شده برای اولین بار گزارش شدند. حساسیت و دقت انتخاب این روش برابر 67 و 95 درصد ارزیابی شد و از این رو میتوان گفت این روش میتواند به عنوان مکمل روشهای پیشبینی ریزRNA اطلاعات ارزشمندی را فراهم کند. از این روش می توان برای پیش بینی ریزRNAها در سایر کروموزوم های گوسفند و یا در سایر پستانداران استفاده نمود.
显示更多 [+] 显示较少 [-]