Impact of common sample pre-treatments on key soil microbial properties

英语. Data and R scripts to the associated open access publication in Soil Biology and Biochemistry. Based on five different paired sites (each with cropland and forest), the effects of six common pre-treatments were evaluated on 18O-CUE and associated parameters, i.e. respiration rate, soil microbial biomass C, total DNA extracted, and estimated abundances of fungi, bacteria and archaea. The six common pre-treatments were: (i) immediate analysis of field-fresh soil samples, and analysis following 14 d pre-incubation of soil samples that were (ii) field-fresh, (iii) air-dried, (iv) oven-dried (40 °C), (v) frozen at -20°C and (vi) frozen in situ (dry ice and subsequently liquid N2). Please read info.txt for information on the content of individual files. Notes This work is part of the "Breaking the Ice" project funded by the German Research Foundation [grant number 401106790].

德语. Bei diesem Repository handelt es sich um die Rohdaten sowie verwendete R Skripte einer begutachteten Studie über Effekte der Vorbehandlung von Bodenproben auf bodenbiologische Messgrößen im Labor (https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2021.108321). Das Repository besteht aus 13 verschiedenen Dateien: all_single.csv und all_single_qPCR.csv werden von all_data.xlsx abgeleitet und enthalten alle Daten all_single.csv enthält alle Daten zu den 6 Vorbehandlungen (n=180) all_single_qPCR.csv enthält alle Daten, die für alle 6 Vorbehandlungen und mikrobielle Referenzen (n=210) abgeleitet wurden soil_characteristics.csv enthält Bodeneigenschaften jedes Grundstücks, die aus ofengetrockneten Proben abgeleitet wurden Die folgenden Skripte wurden geschrieben, um statistische Analysen durchzuführen: - automatic_correlation_script.R (beinhaltet eine Funktion, die einen Pearson-Korrelationstest durchführt) - mixed_effect_model_metabolism_script.R - mixed_effect_model_qPCR_script.R - relative_differences_minmax_script.R (berechnet relative Unterschiede zwischen Vorbehandlungen) -treated_vs_FP_script.R (erstellt Diagramme, die Vorbehandlung mit FP-Referenz in 1 zu 1-Zeilen vergleichen) - plots_metabolism_script.R - plots_qPCR_script.R - create_plots_for_publication_script.R (erstellt nur Abbildungen basierend auf plots_..._scripts.R) die Abkürzung für den Standort HM wurde für die Veröffentlichung in Hl geändert die Abkürzung für den Standort TI wurde für die Veröffentlichung in Vr geändert info.txt