Võist isoleeritud Bacillus spp. identifitseerimine API kit meetodil

Või on laialt kasutuses olev piimatoode, mis oma kõrge rasvasisalduse (82%) tõttu ei ole mikroorganismidele soodsaks kasvukeskkonnaks. Küll aga võib mikroobe esineda või plasmafaasis, mis sisaldab mikroobidele piisavalt kasvuks vajalikke toitaineid ja vett, seda eriti juhul kui traditsioonilisele võile lisatakse maitselisandeid ja soola, mõjutades nii toote kvaliteeti kui säilivust. Bakalaureusetöö eesmärk oli kirjeldada ja identifitseerida nii traditsioonilisest kui maitselisanditega võist varem isoleeritud potentsiaalselt Bacillus perekonda kuuluvaid liike. Selleks kasutati neljast või tüübist, s.o. traditsioonilisest, soolakristallidega, päikesekuivatatud tomati- ja karulaugulisandiga võist isoleeritud puhaskultuure, mille identifitseerimisel rakendati API kit meetodit, mis põhineb uuritavate mikroobiliikide biokeemiliste omaduste määramisel. Läbiviidud katsete käigus kirjeldati 29 isolaadi pesa- ja rakumorfoloogiat ning tuvastati, et kõik uuritud mikroobid kuulusid perekonda Bacillus. Kokku identifitseeriti kuus liiki: B. pumilus, B. lentus, B. cereus, B. firmus, B. licheniformis ja B. subtilis. B. lentus ja B. cereus esinesid ainult traditsioonilises võis, B. subtilis päikesekuivatatud tomatiga võis ning B. licheniformis päikesekuivatatud tomati- ja karulaugulisandiga võis. Tuvastatud liikide esinemist võis võib seostada nende esinemisega toorpiimas, maitsetaimedes ja vürtsides või ümbritseva keskkonna mikrobiootas. API kit meetodi tulemuste võrdlemisel varasemate MALDI-TOF analüüsi tulemustega, tuvastati erinevused kuue proovi identifitseerimisel. Erinevused võisid tuleneda MALDI-TOF analüsaatori andmebaaside seadetest kliiniliste, toiduga mitteseotud mikroobiliikide tuvastamisele.

Butter is widely used dairy product that is not a favourable growth medium for microbes due to its high fat content (82%). However, germs can still be present in plasma phase of butter containing sufficient nutrients and water for them to grow, particularly when additional flavor or salt is added to traditional butter, thus affecting the quality and shelf life of the product. The aim of the Bachelor's thesis was to describe and identify species potentially belonging to genus Bacillus that were previously isolated from the traditional and flavored butter. For this, pure cultures from four types of butter, i.e. traditional butter, butter with salt crystals, sundried tomato and ramson additives, were identified by the API kit method, which is based on the determination of the biochemical properties of microbial species. In the course of experiments, colony and cell morphology of 29 isolates were described, all belonging to genus Bacillus. A total of six Bacillus species were identified: B. pumilus, B. lentus, B. cereus, B. firmus, B. licheniformis, B. subtilis. B. lentus and B. cereus were present only in traditional butter whereas B. subtilis and B. licheniformis were present in the butter with flavor additives. The presence of identified Bacillus species could be associated with their occurrence in raw milk, herbs and spices. Comparison of API kit results with the previous MALDI-TOF ones revealed the differences in the identification of six samples. The differences may be due to the MALDI-TOF database settings focused on clinical and not on food related microbial species.