Sequence-dependent activity and compartmentalization of foreign DNA in a eukaryotic nucleus

Meneu, Léa | Chapard, Christophe | Serizay, Jacques | Westbrook, Alex | Routhier, Etienne | Ruault, Myriam | Perrot, Manon | Minakakis, Alexandros | Girard, Fabien | Bignaud, Amaury | Even, Antoine | Gourgues, Géraldine | Libri, Domenico | Lartigue, Carole | Piazza, Aurèle | Thierry, Agnès | Taddei, Angela | Beckouët, Frédéric | Mozziconacci, Julien | Koszul, Romain | Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes ; Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité) | Collège Doctoral ; Sorbonne Université (SU) | Structure et Instabilité des Génomes (STRING) ; Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée (LPTMC) ; Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Dynamique du noyau [Institut Curie] ; Institut Curie [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM) | Biologie du fruit et pathologie (BFP) ; Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Unité de biologie Moléculaire, Cellulaire et du Développement (MCD) ; Centre de Biologie Intégrative (CBI) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Acquisition et Analyse de Données pour l'Histoire naturelle (2AD) ; Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | This work was supported by the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 771813) and Agence Nationale pour la Recherche (ANR-19-CE13-0027-02) to R.K. R.K., F.B., J.M., and An. T. also received support from Agence Nationale pour la Recherche (ANR-22-CE12-0013-01). D.L. received support from ANR (ANR-21-CE12-0040). A.M. is supported by an FRM fellowship. C.C. was supported by a Pasteur-Roux-Cantarini fellowship. J.S. was supported by an ARC fellowship. Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, is supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09) and IBISA for processing and sequencing RNA samples. | We are grateful to M. Lanzer (Heidelberg University) and C. Sanchez for providing us with P. falciparum YACs, and to S. Baumgarten for long-read sequencing of these YACs. We also thank B. Dujon, M. Fromont-Racine, A. Jacquier, G. Liti, B. Llorente, M. Nollmann, C. Saveanu, B. le Tallec, and all members of the laboratory Régulation Spatiale des Génomes for fruitful comments on the work and the manuscript. We thank C. Matthey-Doret and G. Mercy for help during the earlier steps of the project, and E. Turc and L. Lemée from the Institut Pasteur Biomics Platform; the PICT-IBiSA Imaging Facility of the Institut Curie, a member of the France Bioimaging National Infrastructure (ANR-10-INBS-04), and particularly M. Garnier for his help with FISH quantification. Strains RSG_Y711, RSG_Y681, and RSG_Y1392 (and derivatives) are available from C. Lartigue under a material transfer agreement with the INRAE. | ANR-19-CE13-0027,AN2R,Amplification des centrioles: Nature, conséquences et acteurs moléculaires impliqués dans les réarrangements chromosomique et cytoplasmique(2019) | ANR-22-CE12-0013,Dessynle,Décryptage des déterminants permettant le repliement du génome sous l'action de la cohésine(2022) | ANR-21-CE12-0040,GenoDist,Distanciation Génomique chez la levure(2021) | ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010) | ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010) | European Project: 771813,ERC-2017-COG,SynarchiC(2018)