The magic world of whiskey microbiota | Čarobni svet mikrobiote viskija

英语. Modern metagenomics techniques in combination with next generation sequencing are increasingly used for research of numerous environments inhabited by diverse microbiota. In the present study we focused on a rather unusual environment for their growth, a forgotten bottle of blended Scotch whiskey. Whiskey is a world-known popular spirit, traditionally produced in a series of steps comprising malting of barley, fermenting the malt to an alcoholic wort, distilling and at least 3-year long maturation in oak casks, followed by filtration. In the process, notably in the fermentation, microorganisms play a crucial role. However, we were primarily interested in potential microbiological and chemical changes that might have taken place over the years while the half-empty whiskey bottle was left open. We found that only a very low number of aerobic mesophilic bacteria survived in it while the ethanol content decreased from 40 % to approximately 30 %. Interestingly, the metagenomics analysis showed there was a large and diverse microbial community present in the forgotten whiskey. Among the most abundant microorganisms were members of human commensal microbiota, some potentially disease-causing and also food spoiling bacteria, in particular genus Pseudomonas. Surprisingly, we even found a non-negligible number of typically environmental bacterial species.

斯洛文尼亚语. Raziskave raznovrstnosti mikrobiote številnih okolij so vse pogosteje izvedene s kombiniranjem naslednje generacije sekvenciranja in metagenomskih metod. V naši študiji smo se osredotočili na nenavadno okolje za rast mikroorganizmov, in sicer pozabljeno steklenico Scotch viskija. Viski je svetovno poznana  in priljubljena žgana pijača, ki je tradicionalno proizvedena v več korakih od pridobivanja ječmenovega slada, fermentacije v alkoholno sladico in destilacije, ki ji sledi vsaj 3 leta trajajoče staranje v hrastovih sodih in končna filtracija. Za fermentacijo so mikroorganizmi nujno potrebni. V naši raziskavi so nas predvsem zanimale potencialne mikrobiološke in kemijske spremembe, ki so se zgodite tekom let, ko je bila pozabljena, pol prazna steklenica odprta. Ugotovili smo, da je preživelo le zelo malo število aerobnih mezofilnih bakterij. Koncentracija etanola se je zmanjšala iz začetnih 40 % na približno 30 %. Metagenomska analiza je razkrila veliko in raznovrstno mikrobno skupnost, ki je živela v pozabljenem viskiju. Med najpogostejšimi mikroorganizmi so bili člani običajne človeške mikrobiote, nekaj potencialno patogenih bakterij kot tudi kvarljivcev hrane, na primer bakterije rodu Pseudomonas. Presenetljivo smo potrdili prisotnost tudi nezanemarljivega število tipično okoljskih vrst.