In the artisanal cheese production of Nicaragua, a number of microorganisms coexist that have not been studied, and many times it is not considered how they intervene in the production of cheese. For this reason, in this work microorganisms were isolated from an artisan cheese making shop in basic culture media AN, LB, PCA, PDA and AM in order to isolate a large number of microorganisms. Once the cultures were isolated and purified, 82 bacteria were obtained, 3 yeast fungi and 12 filamentous fungi. By means of the morphological analysis of the macro and microscopic characteristics, 16 morphotypes that included bacteria and fungi were selected for molecular identification by means of DNA extraction, PCR amplification and sequencing of the 16S regions for bacteria, ITS for filamentous fungi and the D1 / D2 / D3 domains for yeast. 20 isolates were identified at the species level: Bacillus cereus (1), Enterobacter cloacae (1), Escherichia coli (1), Klebsiella pneumoniae (2), Planococcus maritimus (1), Proteus vulgaris (1), Pseudomonas aeruginosa (2 )), Psychrobacter Alimentarius (1), Serratia marcescens (3), Staphylococcus aureus (1), Cybelindnera jadinii (2), Rhodotorula mucilaginosa (1), Candida paraugosa (1), Aspergillus hiratsukae (1) and Trichoderma orientale (1) . In addition, 7 bacteria are identified at the genus level: Enterobacter sp (4), Escherichia sp (1), Klebsiella pneumoniae (1) and Pseudomonas sp (1). This research contributes to the advancement of the knowledge of the microorganisms present in the production process of an artisan cheese maker, allowing the selection and use of these for their application in biotechnological processes. | En la producción quesera artesanal de Nicaragua coexisten un sin número de microorganismos que no han sido estudiados, y muchas veces no se considera como intervienen en la producción del queso. Por tal razón, en este trabajo se aislaron microorganismos de una quesera artesanal en medios de cultivos básicos AN, LB, PCA, PDA y AM con el objeto de aislar una amplia cantidad de microorganismos. Una vez aislados y purificados los cultivos se obtuvieron 82 bacterias, 3 hongos levaduriformes y 12 hongos filamentosos. Mediante el análisis morfológico de las características macro y microscópicas se seleccionaron 16 morfotipos que incluían bacterias y hongos, para la identificación molecular mediante la extracción del ADN, la amplificación por la PCR y la secuenciación de las regiones 16S para bacterias, ITS para hongos filamentosos y los dominios D1/D2/D3 para las levaduras. Se logró identificar 20 aislados a nivel de especie: Bacillus cereus (1), Enterobacter cloacae (1), Escherichia coli (1), Klebsiella pneumoniae (2), Planococcus maritimus (1), Proteus vulgaris (1), Pseudomonas aeruginosa (2), Psychrobacter alimentarius (1), Serratia marcescens (3), Staphylococcus aureus (1), Cybelindnera jadinii (2), Rhodotorula mucilaginosa (1), Candida pararugosa (1), Aspergillus hiratsukae (1) y Trichoderma orientale (1). Además, se identificaron 7 bacterias a nivel de género: Enterobacter sp (4), Escherichia sp (1), Klebsiella pneumoniae (1) y Pseudomonas sp (1). La presente investigación contribuirá al avance del conocimiento de los microorganismos presentes en el proceso de producción de una quesera artesanal, permitiendo la selección y utilización de estos para su aplicación en procesos biotecnológicos.