Alfa S1 kazein (CSN1S1) ve CKLF benzeri MARVEL transmembran alanı içeren protein 2 (CMTM2) gen bölgelerinde meydana gelen insersiyon ve delesyon (InDel) gibi varyasyonlar keçilerde bir batında doğan yavru sayısını etkileyebilmektedir. Bu çalışmada ilk defa Kıl (KIL, 66 örnek), Honamlı (HNM, 74 örnek) ve Kabakulak (KBK, 70 örnek) keçilerinde CSN1S1 ve CMTM2 genlerindeki InDel varyasyonların belirlenmesi için toplam 210 hayvan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle genotiplendirilmiştir. Her iki gen bakımından tüm keçi populasyonlarının polimorfik bulunduğu çalışmada CSN1S1 geninde bir batında doğan yavru sayısı için avantaj sağlayan genotip (II) frekansı 0,10 (KBK) ile 0,12 (HNM ve KIL) aralığında değişmiştir. CSN1S1 geni için en düşük ve en yüksek gözlenen heterozigotluk (H0) değeri sırasıyla KBK (0,53) ve KIL (0,65) keçilerinde tespit edilmiştir. CMTM2 geni için II genotip frekansı 0,09 (KIL) ile 0,29 (KBK) aralığında değişirken, HO değerinin 0,415 (KIL) ile 0,585 (KBK) aralığında değiştiği belirlenmiştir. Çalışılan her iki gen bölgesi içinde tüm populasyonların Hardy-Weinberg dengesinde olduğu tespit edilmiştir. Çalışmadan elde edilen sonuçlar HNM, KIL ve KBK keçilerinde CSN1S1 ve CMTM2 genleri için istenilen genotip olan II’nın değişen frekanslarda olduğunu ve yeterli genetik varyasyonun bulunduğunu göstermektedir. Bu nedenleCSN1S1 ve CMTM2 gen bölgelerindeki varyasyonların çalışılan yerli keçi ırklarında bir batında doğan yavru sayısının artırılması için yapılacak Marker Destekli Seleksiyon (MDS) çalışmalarında kullanılabileceği düşünülmektedir