The present study evaluated the microbiological water quality and tissue lesions in gills from Nile tilapia (Oreochromis niloticus) and hybrid tambacu (Colossoma macropomum female x Piaractus mesopotamicus male). For this, water and gills were collected from fish farming at six locations in Itapecuru-Mirim County, Maranhão State. Microbiological water analyses revealed contamination by total coliforms, Escherichia coli and heterotrophic bacteria. In the gills, we observed a diversity of Gram-positive and Gram-negative bacteria. The tissue lesions were: lamellar fusion, interlamellar hyperplasia, sub-epithelial edema and telangiectasia. Inflammatory lesions were not observed. Significant statistical difference (p > 0.05) was not detected when comparing different gills lesions during rainy and dry season. The correlation between lesion and pond type was statistically different (p < 0.05) for lamellar fusion and interlamellar hyperplasia which occurred more frequently at ground ponds. Regarding the frequency of lesions in the different fish species, there was statistical difference (p < 0.05), and the tambacu was more sensitive to lamellar fusion while tilapia was more sensitive for the other lesions. In relation to the sampling stations, there was statistical difference for all the gill lesions. In conclusion, tissue lesions are nonspecific and function as a defense mechanism against polluted aquatic environments, without infectious character.<br><br>Com o objetivo de avaliar a qualidade microbiológica da água e as alterações teciduais em brânquias de tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) e do híbrido tambacu (Colossoma macropomum fêmea x Piaractus mesopotamicus macho), coletou-se água de pisciculturas e brânquias de peixes de seis localidades do município de Itapecuru-Mirim, Estado do Maranhão. O exame microbiológico da água revelou poluição por coliformes totais, Escherichia coli e bactérias heterotróficas. Nas brânquias, observou-se uma variedade de bactérias Gram-positivas e negativas. As alterações teciduais observadas foram fusão de lamelas, hiperplasia interlamelar, edema subepitelial e telangiectasia, não sendo observadas lesões inflamatórias. Não houve diferença estatística (p > 0,05) quando se comparou diferentes tipos de lesões branquiais com os períodos de chuva ou de seca. A correlação de lesões e tipos de tanque demonstrou diferença estatística (p < 0,05) para fusão de lamelas e hiperplasia interlamelar que ocorreram com maior frequência em viveiro de terra. Quanto à frequência de lesões nas diferentes espécies de peixe, houve diferença estatística (p < 0,05), sendo o tambacu mais sensível para fusão de lamelas, enquanto que na tilápia as demais lesões foram mais frequentes. Em relação aos pontos de coleta, houve diferença estatística para todas as alterações branquiais. As alterações teciduais encontradas são inespecíficas e agem como mecanismo de defesa frente ao ambiente aquático poluído, mas sem demonstrar caráter infeccioso.