La transmisión acelerada del virus covid-19 a escala mundial y la declaración de pandemia por parte de la OMS alertó a los países del planeta sobre la adopción de medidas para impedir su propagación y proteger la salud de los seres humanos. En el presente artículo se pretende dar a conocer si el covid-19 se transmite a través del agua residual y si su detección es útil para determinar su infectividad o capacidad de producir enfermedad, o si se puede usar como herramienta de vigilancia epidemiológica. La falta de conocimiento de este nuevo virus y la necesidad de una pronta mitigación de su esparcimiento han impulsado a los investigadores a conocer su estructura, origen, forma de transmisión, forma de reproducción, factores ambientales que influyen en su persistencia y técnicas de detección en muestras de agua. | The accelerated transmission of the covid-19 virus worldwide and the declaration of a pandemic by WHO alerted the countries around the world to adopt security measures to prevent its spread and protect the health of human beings. This article aims to divulge whether covid-19 is transmitted through wastewater and if its detection is useful to determine its infectivity disease production capacity or if it can be used as an epidemiological surveillance tool. The lack of knowledge of this new virus and the need for timely mitigation of its spread has motivated researchers to know about its structure, origin, way of transmission, way of replication, environmental factors that influence its persistence, and detection techniques in water samples. | Bióloga de la Pontificia Universidad Javeriana, especialista en Microbiología de la Universidad de los Andes, coordinadora del Laboratorio de Ingeniería Ambiental y profesora titular de la Escuela Colombiana de Ingeniería. gladys.gonzalez@escuelaing.edu.co

El género Agrobacterium incluye especies ftopatógenas que inducen la formación de agallas en el cuello o la proliferación de raíces en cabellera en más de 600 especies de dicotiledóneas, y especies no patógenas cuyo hábitat natural es el suelo. Como no es posible erradicar a las especies patógenas y habida cuenta de que más del 80 % de las infecciones puede provenir de viveros, es importante evitar la diseminación de la enfermedad. Por ello, el objetivo de este trabajo ha sido desarrollar técnicas sensibles y precisas que, aisladamente o combinadas, permitan detectar la presencia de especies y biovares de Agrobacterium a partir de muestras de material vegetal, suelo y agua. Se comprobó que con la estrategia combinada de realizar aislamientos en los medios semiselectivos D1, D1-M y YEM-RCT; PCR multiplex sobre el gen 23S ADNr; PCR específca sobre los genes virC1 y virC2 y bioensayos en plántulas de pimiento cv. California Wonder y en hojas cortadas de kalanchoe, se reduce la posibilidad de obtener falsos negativos y/o falsos positivos. Por lo expuesto, esta combinación de técnicas constituye una herramienta adecuada para el diagnóstico de cepas patógenas de Agrobacterium a partir de distintos tipos de muestras.<br>The genus Agrobacterium includes phytopathogenic bacteria that induce the development of root crown galls and/or aerial galls at the base of the stem or hairy roots on more than 600 species of plants belonging to 90 dicotyledonous families and non-pathogenic species. These bacteria being natural soil inhabitants are particularly diffcult to eradicate, which is a problem in nurseries where more than 80% of infections occur. Since early detection is crucial to avoid the inadvertent spread of the disease, the aim of this work was to develop sensitive and precise identifcation techniques by using a set of semi-selective and differential culture media in combination with a specifc PCR to amplify a partial sequence derived from the virC operon, as well as a multiplex PCR on the basis of 23SrDNA sequences, and biological assays to identify and differentiate species and biovars of Agrobacterium obtained either from soil, water or plant samples. The combination of the different assays allowed us to reduce the number of false positive and negative results from bacteria isolated from any of the three types of samples. Therefore, the combination of multiplex PCR, specifc PCR, isolations in semi-selective D1, D1-M and YEM-RCT media combined with bioassays on cut leaves of Kalanchoe and seedlings of California Wonder pepper cultivar constitute an accurate tool to detect species and biovars of Agrobacterium for diagnostic purposes.

El género Agrobacterium incluye especies fitopatógenas que inducen la formación de agallas en el cuello o la proliferación de raíces en cabellera en más de 600 especies de dicotiledóneas, y especies no patógenas cuyo hábitat natural es el suelo. Como no es posible erradicar a las especies patógenas y habida cuenta de que más del 80 % de las infecciones puede provenir de viveros, es importante evitar la diseminación de la enfermedad. Por ello, el objetivo de este trabajo ha sido desarrollar técnicas sensibles y precisas que, aisladamente o combinadas, permitan detectar la presencia de especies y biovares de Agrobacterium a partir de muestras de material vegetal, suelo y agua. Se comprobó que con la estrategia combinada de realizar aislamientos en los medios semiselectivos D1, D1-M y YEM-RCT; PCR multiplex sobre el gen 23S ADNr; PCR específica sobre los genes virC1 y virC2 y bioensayos en plántulas de pimiento cv. California Wonder y en hojas cortadas de kalanchoe, se reduce la posibilidad de obtener falsos negativos y/o falsos positivos. Por lo expuesto, esta combinación de técnicas constituye una herramienta adecuada para el diagnóstico de cepas patógenas de Agrobacterium a partir de distintos tipos de muestras. | The genus Agrobacterium includes phytopathogenic bacteria that induce the development of root crown galls and/or aerial galls at the base of the stem or hairy roots on more than 600 species of plants belonging to 90 dicotyledonous families and non-pathogenic species. These bacteria being natural soil inhabitants are particularly difficult to eradicate, which is a problem in nurseries where more than 80% of infections occur. Since early detection is crucial to avoid the inadvertent spread of the disease, the aim of this work was to develop sensitive and precise identification techniques by using a set of semi-selective and differential culture media in combination with a specific PCR to amplify a partial sequence derived from the virC operon, as well as a multiplex PCR on the basis of 23SrDNA sequences, and biological assays to identify and differentiate species and biovars of Agrobacterium obtained either from soil, water or plant samples. The combination of the different assays allowed us to reduce the number of false positive and negative results from bacteria isolated from any of the three types of samples. Therefore, the combination of multiplex PCR, specific PCR, isolations in semi-selective D1, D1-M and YEM-RCT media combined with bioassays on cut leaves of Kalanchoe and seedlings of California Wonder pepper cultivar constitute an accurate tool to detect species and biovars of Agrobacterium for diagnostic purposes. | Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales

In this study, the presence of pathogenic microorganisms such as Listeria monocytogenes, Escherichia coli with its O157:H7 serotype, and Salmonella spp. was determined in human drinking water in the Chambo canton. Selective culture media techniques and conventional Polymerase Chain Reaction (PCR) were employed. Specific primers for each pathogen were used for thermocycling, along with positive controls for contrast. A total of 50 samples from different strategic points in the area were analyzed using these methodologies. Listeria monocytogenes was detected in 40% (20/50) of the samples, Escherichia coli with its O157:H7 serotype in 80% (40/50), and Salmonella spp. in 20% (10/50). Thus, the quality of human drinking water in the canton was determined based on the number of contaminated points with the studied pathogens. With the obtained data, possible alternatives in the sector could be considered to reduce the microbial load in the study matrix. | En este estudio se detectó la presencia de microorganismos patógenos como Listeria monocytogenes, Escherichia coli con su serotipo O157:H7 y Salmonella spp. se determinó en agua potable humana en el cantón Chambo. Se emplearon técnicas de medios de cultivo selectivos y reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional. Se utilizaron cebadores específicos para cada patógeno para el termociclado, junto con controles positivos para el contraste. Mediante estas metodologías se analizaron un total de 50 muestras de diferentes puntos estratégicos de la zona. Listeria monocytogenes se detectó en el 40% (20/50) de las muestras, Escherichia coli con su serotipo O157:H7 en el 80% (40/50) y Salmonella spp. en un 20% (10/50). Así, la calidad del agua potable humana en el cantón se determinó en función del número de puntos contaminados con los patógenos estudiados. Con los datos obtenidos se podrían considerar posibles alternativas en el sector para reducir la carga microbiana en la matriz de estudio.

La leptospirosis es una enfermedad zoonótica de distribución mundial, causada por diversos serovares de leptospiras. El hombre puede adquirir la enfermedad al estar en contacto directo con orina de animales infectados con la bacteria o indirectamente con aguas y suelos contaminados con la orina de estos animales. Por muchos años fue considerada una enfermedad vinculada con actividades ocupacionales que permiten el contacto con fuentes o vehículo de transmisión, actualmente este concepto ha cambiado, al observarse en personas alejadas a ocupaciones específicas como amas de casa, niños, estudiantes, profesionales y turistas. La detección de este patógeno por métodos convencionales a partir de fuentes de agua ha demostrado ser una metodología tediosa y complicada. Hecho atribuible, al menos en parte, al tiempo que requiere en medios de cultivo o el crecimiento de microorganismos de morfología similar, lo que dificulta el aislamiento de los mismos. Por esa razón, han surgido técnicas moleculares que permiten superar estas limitaciones ofreciendo resultados con un alto grado de sensibilidad y de fácil reproducibilidad. El objetivo del presente estudio fue aislar e identificar Leptospira en fuentes de agua de la zona ribereña de la ciudad de Corrientes. Las muestras de agua fueron recolectadas en frascos estériles y transportadas refrigeradas al laboratorio de la Cátedra de Salud Pública de la Facultad de Ciencias Veterinarias donde se procedió a la medición de pH de las mismas. Seguidamente, las muestras fueron sometidas a filtración mediante metodología adaptada por nuestro equipo de trabajo, consistentes en el pasaje de las muestras por filtros de 0,45pm y 0,22pm. En muestras con un alto grado de turbidez, se efectuó un centrifugado previo al filtrado de modo tal de poder separar las impurezas más groseras, mejorando el proceso de filtrado, paso siguiente se procedió como se mencionó anteriormente. Se emplearon como muestra para el diagnóstico por PCR los filtros de 0,22pm. Los mismos fueron seccionados en forma estéril y colocados en tubos Eppendorf y almacenados a -20°C hasta la extracción del ADN. La técnica de extracción de ADN requirió como paso previo la hidratación de los filtros con solución STE buffer. A continuación se retiraron los filtros y la solución bufferada fue centrifugada a 12000 rpm durante 4' luego del cual se descartó el sobrenadante. El sedimento restante fue sometido a extracción con detergente CTAB. Esta técnica se basa en una serie de lavados con soluciones de homogenización- cloroformo:alcohol isoamilico- alcohol isopropilico- etanol 70% alternados con procesos de centrifugados. El pellet obtenido fue resuspendido en 20pl de agua destilada estéril y almacenada a 4°C hasta su procesamiento. Se analizó una porción del gen que codifica para ARN ribosomal 16S, empleándose primers cuyo producto final de amplificación en un volumen de 25pl dieron fragmentos de 430pb. Así mismo, se ensayaron reacciones conteniendo 1x de Buffer de PCR, 1,5mM de MgCI2, 20mM de cada dNTPs, 1,0mM de cada primers y 1,0U de Taq DNA polimerasa. El programa de ciclado consistió en una desnaturalización inicial a 95°C durante 5', seguida de 35 ciclos de amplificación (desnaturalización a 95°C V, hibridación a 55°C por 30' y extensión a 72°C por 1 ') y una extensión final a 72°C por 7' e incubación final a 4°C. Los productos de PCR se separaron por electroforesis en geles de agarosa teñidos con Bromuro de Etidio y visualizados por transiluminación UV. De un total de 30 muestras de ADN extraído a partir de los filtros de agua, 2 de ellas revelaron bandas de 430 pb detectables a leptospiras. Para las reacciones de PCR se emplearon controles positivos a partir de L. Icteroahemorrágiae, cultivos provenientes del Instituto de Patobiología, INTA Castelar (Buenos Aires). En Argentina pocos son los reportes de aislamiento de Leptospiras, a partir de muestras de agua, probablemente vinculado a la alta contaminación que presentan las muestras y su complejidad en el aislamiento. El empleo de un sistema de filtración como paso previo a la realización de técnica de PCR demostró ser un método práctico y eficaz que permite eliminar las impurezas más groseras y retener las espiroquetas en estudio. Así mismo, los resultados obtenidos a partir de PCR convencional confirman la existencia de especies de Leptospira en el área de estudio, aportando un gran avance en la epidemiología de este microorganismo y el desafío de implementar técnicas de PCR dirigidas a la identificación de especies patógenas.

This study aimed to isolate and identify Aeromonas bacteria from samples of oysters and water, by microbiological and molecular methods. Identification of Aeromonas was performed by the conventional method and by PCR and species characterization was performed by identification key Aerokey II and by RFLP-PCR of 16S rDNA. 59 (98.3%) samples of oysters and 15 (75%) samples of water contaminated by Aeromonas bacteria were identified. Of the 74 isolates of Aeromonas spp. obtained by microbiological analysis, 53 (71.62%), 38 (65.51%) oyster samples and 15 (100%) of water samples confirmed the characterization of the genus by molecular technique. As to biochemical species identification, 59.3% (n = 35) and 40.6% (n = 24) of isolates from Aeromonas sp. obtained from oyster samples were rated as A. hydrophila and A. caviae, respectively; and from isolates obtained from water samples, 60% (n = 9) were classified as A. hydrophila and 40% (n = 6) as A. caviae; however, only the A. hydrophila was confirmed by genetic sequencing. Regarding the classification by RFLP-PCR 16S rDNA, patterns of nonspecific bands were obtained, making it impossible to identify the species by this technique. The large number of oyester samples contaminated with Aeromonas spp. and identification of A. hydrophila, demonstrate that this mollusk might present a risk to consumer health, mainly because it is consumed raw and is to a potentially pathogenic micro-organism to humans.

La leucosis viral bovina (LVB) es una enfermedad de alta morbilidad y baja mortalidad. Existen reportes de la infección natural en algunas especies de bóvidos; sin embargo, en búfalos es poco estudiado. En Colombia la producción de búfalos crece rápidamente y hasta el momento no hay reportes de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la producción bufalina en el eje cafetero y determinar la prevalencia de LVB por PCR en búfalos y la presencia en humanos, bovinos y ovejas en cercanías. Se tomaron muestras de sangre de 140 búfalos, 10 de leche de búfala y 58 muestras de bovinos, 35 de ovejas y 9 de humanos en contacto con los búfalos. Se realizaron análisis hematológicos. Posteriormente, extracción de ADN para evaluación por PCR. Se recolectó información productiva y los resultados fueron procesados y analizados mediante el software R. La mayoría de animales fueron hembras de la raza mediterránea, con peso al nacimiento de 33.39 kg, peso al destete 202.93 kg, intervalo entre partos 491.77 días, tiempo al pico 67.26 días y 381.59 L de leche (ajustada a 305 días a dos tetas). Se encontró una prevalencia de 33.6 % en búfalos y 3.4 % en bovinos; ninguna muestra de leche, oveja o humano resultó positiva. No se encontraron factores de riesgo asociados a la infección, ni una alteración significativa del cuadro hemático, ni de los factores productivos. Estos resultados se constituyen en el primer reporte molecular del VLB en América y una de las primeras en el mundo.

Resumen La leucosis viral bovina (LVB) es una enfermedad de alta morbilidad y baja mortalidad. Existen reportes de la infección natural en algunas especies de bóvidos; sin embargo, en búfalos es poco estudiado. En Colombia la producción de búfalos crece rápidamente y hasta el momento no hay reportes de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la producción bufalina en el eje cafetero y determinar la prevalencia de LVB por PCR en búfalos y la presencia en humanos, bovinos y ovejas en cercanías. Se tomaron muestras de sangre de 140 búfalos, 10 de leche de búfala y 58 muestras de bovinos, 35 de ovejas y 9 de humanos en contacto con los búfalos. Se realizaron análisis hematológicos. Posteriormente, extracción de ADN para evaluación por PCR. Se recolectó información productiva y los resultados fueron procesados y analizados mediante el software R. La mayoría de animales fueron hembras de la raza mediterránea, con peso al nacimiento de 33.39 kg, peso al destete 202.93 kg, intervalo entre partos 491.77 días, tiempo al pico 67.26 días y 381.59 L de leche (ajustada a 305 días a dos tetas). Se encontró una prevalencia de 33.6 % en búfalos y 3.4 % en bovinos; ninguna muestra de leche, oveja o humano resultó positiva. No se encontraron factores de riesgo asociados a la infección, ni una alteración significativa del cuadro hemático, ni de los factores productivos. Estos resultados se constituyen en el primer reporte molecular del VLB en América y una de las primeras en el mundo.

GA 17 indicator of both human and animal contamination from and HB 13, a strain found only in human origin samples. The concentration for each strain was evaluated and compared with fecal bacterial indicators, (e.g.) fecal coliforMON, Clostridium perfringens and somatic phages, all these in order to determine which of the two bacterial groups is better in terMON of their ability to discriminate the source of fecal contamination. It was finally concluded in this study that the use of traditional indicators of fecal contamination as fecal coliforMON, Clostridium perfringens and somatic phages, are still useful in order to evaluate water quality samples, however, those are not able to establish differences in their concentration in each of the sampling stations with different pollution source, so its use remains only as indicators but not fecal contamination discriminators, this suggests the need for more studies with new strains of Bacteroides, known to discrimine source of pollution, but these have to be isolated from the site where we want to make the discrimination analysis, as this would give a better recovery rate, together with the particular nutritional and environmental requirements inherent to the area of the study. Se hizo una evaluación de los fagos de Bacteroides de las cepas RYC 2056, propias de muestras con contaminación de origen animal, GA 17 propias de contaminación de origen humana y en menores concentraciones de origen animal y HB 13 que se encuentran en muestras de origen humano. Se evaluó su concentración y se comparó con bacterias indicadoras de contaminación fecal, como lo son coliformes fecales, Clostridium perfringes y fagos somáticos, esto con el fin de determinar cual de estos dos grupos bacterianos es mejor en cuanto a su capacidad de discriminar la fuente de la contaminación de origen fecal. Se pudo concluir finalmente con este estudio que el uso de indicadores tradicionales de contaminación fecal como colíformes fecales, Clostridium perfringes y fagos somáticos, siguen siendo de gran utilidad para la evaluación de diferentes muestras de aguas, sin embargo, no se lograron establecer diferencias en cuanto a su concentración en cada una de las estaciones de muestreo con diferente origen de contaminación, por lo que su uso sigue siendo sólo como indicadores y no discriminadores de contaminación fecal, permitiendo sugerir la necesidad de hacer estudios nuevos con cepas de Bacteroides, que son conocidas como bacterias discriminadoras de la fuente de contaminación, pero que sean aisladas del sitio donde se desee hacer el análisis de discriminación, ya que así se daría una mejor recuperación de estos, al evaluarse con los requerimientos nutricionales y ambientales propios de la zona a estudiar. An assessment was developed with bacteriophage strains RYC 2056, typical of contaminated samples of animal origin

Atualmente, um dos problemas mais observados na suinocultura são as diarreias que acometem leitões na fase de creche, levando a prejuízos na cadeia produtiva em função da perda de peso dos animais, desidratação e gastos com medicamentos. Escherichia (E.) coli, causadora da colibacilose na fase de maternidade e após do desmame, é um dos principais agentes infecciosos envolvidos nas diarreias pós desmame, podendo determinar índices de mortalidade de até 25%. A diarreia ocorre entre a primeira e a terceira semana após a entrada nas creches e apresenta-se de forma pastosa a líquida, de coloração amarelada ou acinzentada. E. coli é uma bactéria comensal do intestino dos leitões e sua patogenicidade está diretamente relacionada com a expressão de fímbrias e toxinas. A via fecal-oral é a principal via de transmissão, sendo a água uma importante fonte de contaminação, podendo ocasionar as diarreias. Visando observar a possibilidade de transmissão de E. coli enterotoxigênica (ETEC) via água, o objetivo do trabalho foi isolar e tipificar E. coli de amostras de água provenientes de caixas d’água e bebedouros de creches de suínos e de suabes retais de leitões com diarreia pós desmame. Em amostras com isolamento de E. coli foi realizado PCR multiplex para a detecção das fímbrias e toxinas presentes nas amostras e realizado o antibiograma, sendo possível comparar os fatores de virulência e resistência antimicrobiana em amostras isoladas da água e naquelas isoladas dos leitões. Em quatro das dez amostras de água foi possível isolar E. coli, entretanto, nenhuma apresentava os genes para os fatores de virulência característicos de cepas ETEC. Das 60 amostras de suabes retais analisadas, 21 isolaram E. coli e sete encontraram fatores de virulência para ETEC. Os fatores de virulência mais frequentes foram as fímbrias F18 (62,5%) e F4 (25%) e as toxinas STb (100%) e STap (75%). E. coli isoladas das amostras de água apresentaram maior resistência aos antimicrobianos apramicina, florfenicol, lincomicina, lincomicina+espectinomicina, oxitetraciclina e sulfametoxazol+trimetoprim e foram sensíveis a colistina e fosfomicina. As sete ETEC isoladas de suabe retal apresentaram maior resistência à lincomicina e menor resistência à fosfomicina. As 14 E. coli não ETEC isoladas de suabe retal apresentaram maior resistência ao florfenicol e não apresentaram resistência a colistina. E. coli enterotoxigênica é um importante agente na causa de colibacilose pós-desmame, porém não parece ser capaz de desenvolver fatores da virulência na água, possivelmente por depender de condições do animal para isso. Os resultados mostraram que a água não é uma importante fonte de transmissão de ETEC. As amostras analisadas apresentaram uma ampla variação nos fatores de resistência a dez antimicrobianos diferentes, apresentando inclusive multirresistência. | One of the most frequent problems in the swine industry is diarrhea in nursery pigs, which causes significant losses due to weight loss, dehydration and cost of medication. Escherichia (E.) coli is one of the main agents of the post-weaning diarrhea and can cause a disease with mortality rate as high as 25%. The diarrhea occurs between the first and third week post-weaning and varies in consistency from very watery to pasty with a colour range from grey to yellow. E. coli is an intestinal commensal bacteria in pigs and its pathogenicity is directly related to fimbria and toxins gene expression. Fecal-oral is the mainly route of transmission, and water is an important contamination source. To investigate the possibility of enterotoxigenic E. coli (ETEC) transmission through water, the objective of this study was to isolate and to typify E. coli from pig nursery water samples and from nursery pig´s rectal swabs presenting post-weaning diarrhea. After isolation of E. coli, positive samples were genotyped by Multiplex PCR - to determine specific fimbria and toxin genes present in the isolate - followed by antibiogram analysis. Virulence factors and antimicrobial resistance could then be compared between water and piglet samples. E. coli was isolated in four out of the ten water samples, although none of them expressed ETEC virulence factors. From 60 rectal swab samples, 21 E. coli were isolated and seven expressed ETEC virulence factors. The fimbria presenting higher frequency was F18 (62,5%) and F4 (25%) and the toxins were STb (100%) and STap (75%). E. coli isolated from water samples presented higher resistance to apramycin, florfenicol, lincomicin, lincomicin+spectinomycin, oxytetracycline and sulfametoxazol+trimethoprim and did not present resistance to colistin and fosfomicin. The seven ETEC from rectal swab samples presented a higher resistance factor to lincomicin, and lower resistance factor to fosfomicin. The 14 non ETEC from rectal swab samples presented a higher resistance factor to florfenicol e no resistance to colistin. E. coli enterotoxigenic is an important agent causing post-weaning diarrhea, even though it seems incapable to develop its virulence factors in the water, probably because it may depends on conditions present exclusively in the animal organism. The results show that contamination of drinking water with ETEC was not an important cause of infection of the nursery piglets in the experiment. The samples analysed presented a wide range of resistance to the different antimicrobials, including multi-resistance.