La investigación de calidad de aguas en el Estero Salado, sector norte de la ciudad de Guayaquil, y sus efectos en la flora y fauna acuática es de gran importancia para la ciencia, ya que se ha podido estudiar las características fisicoquímicos y microbiológicos en sitios escogidos para fundamentar las bases científicas; y, con ello establecer las condiciones ambientales a lo que está sometido el sistema estuarino de este importante sector, la investigación fue de tipo descriptiva, y explicativa; con enfoque cuantitativo, que parte de una población infinita, con un diseño tipo exploratorio, las muestras fueron recolectadas aplicando normas INEN del sector norte de las riveras de la ciudadela universitaria, el muestreo fue de tipo probabilístico no aleatorio. Los parámetros estudiados fueron pH, temperatura, salinidad, sólidos disueltos totales, conductividad eléctrica, oxígeno disuelto, amonio, potencial oxido redox, metales pesados: plomo y cadmio, coliformes fecales y coliformes totales, residuos sólidos, de todos estos elementos se obtuvieron los siguientes promedios: pH:7.17, temperatura: 27.31°C, salinidad: 14.317 mg/L, SDT: 18.57 mg/L, conductividad: 28.61 μS/cm, plomo: 0.0006928 mg/L, cadmio: 0.0113 mg/L, coliforme total: 2.62E+04, coliforme fecal: 2.587E+04, residuos sólidos: 30.00 Kilos/día. En consecuencia, se concluye que la fauna acuática del Estero Salado, sector norte de la ciudad de Guayaquil, está en desaparición, debido a los resultados de análisis de laboratorio, cuyos parámetros de calidad químicos y microbiológicos se encuentran por encima de las normas establecidas, para confirmar dichos resultados se la comparó con el acuerdo 097 4 de noviembre 2015, Libro VI, anexo 1 del Ministerio del Ambiente.