Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2020 du département du Morbihan. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Sur 54 zones classées et suivies en 2020, 39 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité, 13 ont un classement sanitaire qui ne concorde pas avec l’estimation de leur qualité et 2 ont un nombre de données insuffisant pour estimer leur qualité. Ces estimations de la qualité des zones prennent en compte les résultats de la période 2018-2020, voire 2017-2020 pour une zone. Sur les 13 zones dont le classement sanitaire ne concorde pas avec l’estimation de la qualité, 11 sont classées en A alors que leur qualité est estimée en B, et 2 sont classées en B alors que leur qualité est estimée en A. La qualité chimique est satisfaisante pour tous les points suivis.

International audience | L’URFM stocke plus de 40 000 échantillons végétaux soit à -20°C soit à température ambiante après déshydratation. Le projet présenté dans cet article a eu pour but d’évaluer la quantité et la qualité de l’ADN obtenu à partir d’échantillons de quatre espèces d’arbres méditerranéens. Pour mesurer la qualité de l’ADN, nous avons effectué des analyses de génotypage et de séquençage couramment utilisées au laboratoire. Nos résultats montrent une variation entre les quatre espèces étudiées en fonction du mode et de la durée de conservation sur la quantité et la qualité de l’ADN. De plus, nous avons montré que les échantillons conservés sur la plus longue période ou avec la méthode la plus basique (à sec) ne sont pas ceux qui présentent la moins bonne qualité d’ADN.

National audience | La qualité des graines est cruciale pour s’assurer de l’obtention de plants vigoureux. Cette qualité peut être définie par la capacité germinative et par les réserves contenues dans les graines. Ces réserves sont actuellement évaluées par différentes méthodes de mesure en laboratoire tels que le poids des mille graines et des dosages biochimiques notamment des lipides, des protéines et des glucides. Les méthodes d’évaluation courantes des réserves énergétiques de graines sont fastidieuses, chronophages et nécessitent parfois un nombre conséquent de graines. Il est donc nécessaire de trouver des moyens analytiques plus rapides, d’autant plus que des premiers résultats ont montré que la qualité des graines n’est pas équivalente selon les années de récolte ; aussi il serait intéressant chaque année de pouvoir les caractériser rapidement avant de déclencher la récolte des graines. La spectrométrie infra-rouge (SPIR) se révèle être une solution adaptée à cet emploi notamment par la facilité, rapidité et la fiabilité des mesures qui de plus ne nécessitent que peu de graines. La SPIR permet par mesure de l’absorption de la lumière par l’échantillon, la détection de composés biochimiques marqués par une signature spectrale spécifique. Ainsi la SPIR associée à la chimiométrie peut servir à déterminer qualitativement et quantitativement les réserves des graines et de fait donner une estimation de leur qualité. Grâce aux données spectrales et biochimiques recueillies, des modèles de calibration seront développés pour évaluer les caractéristiques biochimiques des réserves des graines forestières. Cette technique analytique, jusqu’alors utilisée pour déterminer la qualité des produits destinés à la consommation ou pour évaluer la qualité des semences de grandes cultures, constitue une innovation dans le domaine des semences forestières. Par ailleurs les équipements, devenant de plus en plus compacts, laissent envisager une utilisation sur le terrain pour la détermination de la qualité des graines

Ce travail de thèse s'inscrit dans le cadre d'un projet initié au CIRAD en 2000 (Léchaudel, 2004; Nordey, 2014) visant l'amélioration de la qualité des mangues Cogshall à la Réunion. L'objectif central de la thèse est l'analyse des facteurs sources de variation de la qualité de la mangue tout au long du continuum entre le pré et le post-récolte afin d'identifier des leviers de contrôle disponibles pour améliorer la qualité des mangue Cogshall. Trois approches complémentaires ont été réalisées. La première approche a été une étude expérimentale permettant de suivre la qualité des fruits en fonction de pratiques agronomiques (rapport feuilles/fruits), des dates de récolte et des conditions de conservation (température et temps de conservation). La qualité a été évaluée en utilisant des indicateurs de maturité (respiration et concentration en éthylène), de qualité physique (poids frais, poids sec, couleur, etc.) et de qualité gustative (concentrations des sucres, acidité, etc.). Cette étude a montré l'importance de la relation source-puits entre le fruit et le rameau sur la croissance du fruit. De plus, la qualité du fruit à la récolte va déterminer en grande partie la qualité potentielle des fruits en conservation. La récolte force le fruit à mûrir et les pratiques de conservation permettent de contrôler et optimiser cette maturation induite. Les températures basses vont permettre de prolonger le temps de conservation des fruits et d'assurer une concentration maximale en sucres avant d'atteindre la pleine maturité. Cette pratique va ainsi permettre d'assurer une qualité relativement bonne et homogène sur les fruits conservés. La deuxième approche a été construite autour de l'étude des variations des sucres dans les fruits au travers d'un modèle. Ce modèle a été calibré en utilisant des données existantes (Léchaudel et al., 2005a; Joas et al., 2009) et les données de l'approche expérimentale. Ce modèle sucres simule les variations des 4 sucres majeurs (amidon, sucrose, fructose et glucose) durant la croissance et la maturation sur l'arbre et en chambre froide. Cette approche a suggéré une forte importance, en pré-récolte, des métabolismes de synthèse de l'amidon et du saccharose. Alors que les flux les plus important en post-récolte ont été la synthèse du saccharose, la dégradation de l'amidon en sucres solubles ainsi que le flux représentant l'action de la phosphoglucose isomérase permettant de transformer des molécules de glucose en molécules de fructose. Le modèle sucres a ensuite été implanté dans les modèles de croissances de Léchaudel et al. (2005b, 2007) pour permettre de modéliser la croissance du fruit ainsi que les variations de sucres et des flux de carbone dans le fruit. Puis ce modèle a été simplifié et adapté pour pouvoir simuler la perte en masse des fruits lors de leurs conservation. Ce modèle couplé a été appelé " mangue virtuelle " et utilisé pour simuler de multiples scénarios possibles d'opération culturales et de conditions de conservation. Ces simulations ont été réalisées pour tester virtuellement des milliers de combinaisons de pratiques et leurs effets sur le poids frais du fruit, le taux de matière sèche et la sucrosité. Ces simulations ont à nouveau montré l'importance des conditions de croissance et de la date de la récolte sur la qualité des fruits à pleine maturité. Les résultats ont suggéré que des conditions non-limitantes avec une bonne irrigation, un bon ensoleillement et une charge en fruit raisonnée permet l'obtention de meilleurs fruits. Les dates de récolte ainsi que les pratiques de conservation seront elles décidées en fonction des conditions de croissance et des marchés souhaités. Les récoltes tardives conviendront le mieux pour une vente sur un marché local avec des fruits de très bonne qualité et au temps de conservation de quelques jours. Alors que des récoltes à la fin de la croissance du fruit correspondent plus à des pratiques de conservation de longues durées (export, allongement de la mise sur le marché, etc.) avec une légère diminution de la qualité des fruits à maturité. L'ensemble des analyses et des modèles produits dans ce travail représentent des outils efficaces permettant de mieux comprendre et piloter l'élaboration de la qualité des mangues sur tout le continuum pré et post-récolte. Cependant, des améliorations ont été identifiées pour donner la capacité au modèle de s'adapter à de nouvelles conditions environnementales.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2020 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. En 2020, 24 zones de production ont été suivies par le REMI en Occitanie dont 10 dans l’Aude, 13 dans l’Hérault et 1 dans le Gard au travers de 30 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2020 est de 96,6%, et 46 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2021 à partir des résultats de la période 2018-2020 est : « A » pour 2 zones (8,3%), « B » pour 12 zones (50%), « C » pour 6 zones (25%) et « très mauvaise » pour 2 zones (8,3%), le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité de 2 zones de pêche de palourdes pour lesquelles le suivi a été initié en 2020. Parmi ces zones, 16 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 6 ont un classement sanitaire plus favorable que l’estimation de leur qualité. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.

Le dossier couvre un spectre allant d’un concept moderne et global d’évaluation de la qualité des aliments à un système alimentaire durable. Il examine certains aspects de la durabilité et de la qualité et présente les différences entre les aliments biologiques et les aliments conventionnels. La publication passe également en revue les mesures prises par le secteur biologique pour répondre aux attentes élevées en matière de qualité.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles (REMI) et du réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de l’Ille-et-Vilaine (35). Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Le bilan au 1er janvier 2021 est très similaire à celui de l’année précédente. Globalement la qualité sanitaire de la baie du Mont Saint-Michel est en amélioration. Le classement généralisé en bonne qualité sanitaire ne tient qu’à cinq pics de contamination moyenne. Il ne faut toutefois pas négliger ces signaux qui témoignent encore d’une certaine fragilité des bassins versants. Ces contaminations peuvent encore se révéler très impactantes lorsqu’elles s’accompagnent d’épisode de TIAC. En Rance et en baie de Saint-Malo, l’état sanitaire s’était considérablement dégradé au début des années 2010. Mais depuis 2015, l’essentiel des zones suivies connaît un regain de qualité et permet un classement généralisé en qualité moyenne. Cette qualité sanitaire se maintient en 2020. Mais l’estuaire reste fragile aux contaminations très locales en cas de forte pluviométrie. La partie centrale de l’estuaire est plus particulièrement menacée. Les tendances statistiques calculées sur dix ans montrent une amélioration sur dix points, soit plus de la moitié des points permettant ce calcul (cf. Annexe 4). Aucun point de surveillance ne présente de tendance à la dégradation. La qualité sanitaire des zones conchylicoles dans le département d’Ille-et-Vilaine est en concordance avec le classement administratif pour toutes les zones sauf la 35.15-groupe III, qui présente une dégradation (A vers B) et la 35.13-groupe III qui présente une amélioration (B vers A).

En raison de doutes sur l’homogénéité de la zone 56.01.1 « Zone du large », la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) a demandé la réalisation d’une étude sanitaire en vue du découpage de cette zone. Les coquillages fouisseurs exploités par la pêche professionnelle dans cette zone sont les vernis, les palourdes roses, les praires et les vénus. Le vernis est l’espèce majoritairement exploitée. Ces coquillages sont pêchés en bateaux équipés de drague. Les résultats des analyses chimiques effectuées en février 2020 sur des vernis sont compatibles avec le classement sanitaire de cette zone. Une étude de dossier a été réalisée afin de recenser les principales sources de contamination microbiologique et d’évaluer leurs impacts sur la zone étudiée. Pour évaluer la qualité microbiologique de la zone pour les coquillages fouisseurs (groupe 2), deux points de prélèvement ont été échantillonnés entre septembre 2019 et septembre 2020, en vue d’analyser leur concentration en Escherichia coli. Au regard des critères du Règlement d’exécution (UE) 2019/627, les résultats des analyses ont conduit à l’estimation en qualité A pour le lieu 054-S-012 Belle-Ile. La qualité du lieu 049-S-031 Groix-Courreaux n’a pas pu être estimée car le nombre de données est insuffisant. Au regard des 10 résultats obtenus en ce point pendant l’étude sanitaire, sa qualité serait équivalente à une qualité B (à un résultat près). L’étude de dossier, les résultats des analyses en E. coli et l’étendue de la zone de production conduisent à proposer un découpage en deux de la zone actuelle 56.01.1 « Zone du large ». Le secteur « Groix-Lorient » serait évalué en qualité B et suivi par un lieu surfacique de superficie plus réduite que le lieu 049-S-031 Groix-Courreaux, inclus dans ce dernier. Le secteur « Auray-Vannes » serait évalué en qualité A et suivi par le lieu surfacique 054-S-012 Belle-Ile.

Suite à des problèmes de qualité bactériologique et un manque de ressource au point de suivi REMI à Saint-Jean-le-Thomas, la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) a demandé la réalisation d’une étude sanitaire en vue du découpage de la zone 50.24 « baie du Mont-Saint-Michel » pour le groupe 2. Etant donné que la partie sud de la zone 50.24 est interdite à la pêche professionnelle par arrêté préfectoral du 21/12/2017 et que les gisements de coquillages fouisseurs exploitables par les professionnels n’y sont plus présents à l’heure actuelle, la présente étude se concentre sur la partie nord de la zone 50.24. Une étude de dossier et une inspection du littoral ont été réalisées afin de recenser les principales sources de contamination microbiologique et d’évaluer leurs impacts sur la zone étudiée. Ce travail a suggéré que le risque de contamination microbiologique était le plus élevé aux extrémités nord et sud. Les résultats des analyses chimiques effectuées sur des prélèvements de palourdes au point « 020-P-130 Champeaux – Sol-Roc » en 2020 sont compatibles avec le classement sanitaire de la zone de production 50.24 pour le groupe 2. Pour évaluer la qualité microbiologique de la zone pour le groupe 2, trois points de prélèvement ont été échantillonnés deux fois par mois entre juillet 2019 et août 2020, en vue de l’analyse de leur concentration en Escherichia coli. Au regard des critères du règlement d’exécution (UE) 2019/627, les résultats des analyses ont conduit à l’estimation en qualité plus dégradée que la classe C (très mauvaise qualité) pour le point « 020-P-131 Jullouville - cale plaisanciers » et en qualité B pour les deux autres points (« 020-P-132 Kairon plage » et « 020-P-130 Champeaux – Sol-Roc »). Un nouveau découpage de la zone 50.24 « baie du Mont-Saint-Michel est proposé pour permettre l’exploitation des coquillages fouisseurs dans le secteur dont la qualité est compatible avec un classement sanitaire. Ce secteur se situe entre la pointe de Carolles et Champeaux. Le point « 020-P-130 Champeaux – Sol-Roc » est retenu pour le suivi régulier de la qualité microbiologique des coquillages fouisseurs de cette zone redécoupée.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats des réseaux de contrôle microbiologique REMI et d’observation des contaminants chimiques ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du Finistère. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité des zones de production de coquillages classées et l’évolution de leur qualité. En 2020, pour quelques zones, la qualité estimée est plus dégradée que le classement en vigueur, c’est le cas pour les coques de la baie de Locquirec, les huîtres de baie de Morlaix aval et large, et en eaux profondes de la rade de Brest, les palourdes de l’anse de Penfoul, les huîtres en eaux profondes du Guilvinec et de Bénodet, des coques de la rivière de Pont l’Abbé, les huîtres de la rivière de l’Odet et les coques de la rivière de l’Aven. A l’inverse, les huîtres creuses de la presqu’île de Sainte Marguerite, de la rivière de l’Aulne et les coques de la baie de Daoulas et de l’anse du Pouldon présentent une amélioration de leur qualité.