Expressed sequence tags for genes: a review | Des etiquettes pour les genes: une revue

Francés. Les etiquettes correspondent aux sequences des extremites des ADN complementaires, obtenues de maniere systematique a partir d'une seule reaction de sequencage. Cependant, a partir d'un seul gene plusieurs etiquettes differentes peuvent etre obtenues: celles qui correspondent aux deux extremites de l'ADN complementaire, aux ADN complementaires de tailles differentes synthetises a partir d'un meme ARN messager, et aux differents ARN messagers issus d'une meme sequence d'ADN genomique. L'identification des genes correspondants est faite par comparaison avec les sequences nucleiques ou proteiques contenues dans les bases de donnees publiques (GenBank ou EMBL, Swiss-Prot), en utilisant des logiciels d'alignement automatique tels que FASTA ou BLAST. Les sequences annotees des etiquettes sont stockees dans une base de donnees particuliere, dbEST, et soumises regulierement a des tests de comparaison avec les bases de donnees citees. En raison de la presence d'une longue region non codante a l'extremite 3' des ARN messagers, les etiquettes de l'extremite 3' sont souvent non informatives. La comparaison des etiquettes entre elles permet d'essayer de regrouper celles qui peuvent appartenir a un meme gene et de determiner ainsi une sequence consensus, plus longue et donc plus informative. Au niveau fonctionnel, les etiquettes permettent d'etablir les profils d'expression des genes d'un tissu donne dans differentes situations physiologiques ou experimentales et donc d'identifier les genes qui sont regules. Ces profils sont etablis en utilisant les etiquettes pour mesurer la frequence des differents ADNc dans une genotheque preparee a partir de ce tissu dans les differentes conditions etudiees. Dans une nouvelle strategie, la SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), des etiquettes d'une dizaine de nucleotides sont collectees, mises bout a bout et sequencees en serie, ce qui permet d'accelerer l'acquisition de ces profils d'expression. Une autre approche est basee sur l'hybridation d'un grand nombre de clones deposes sur une meme membrane en nylon filtres haute densite, ou, dans un format miniature, sur une lame de verre, microarrays. Pour identifier les genes impliques dans des processus bien definis, differentes strategies de soustraction ou de comparaison permettent de selectionner une population particuliere d'ARN messagers; les techniques les plus recentes utilisent l'amplification par PCR...