Dynamique, diversité et impact potentiel des virus de microalgues du lac du Bourget

Francés. La dynamique, la diversité et le rôle écologique des virus en milieu lacustre ont été jusqu’ici peu étudiés. Ce constat est d’autant plus vrai dès lors que l’on s’intéresse aux virus de microalgues eucaryotiques. L’étude présentée dans ce mémoire a été réalisée sur le lac du Bourget (le plus grand lac naturel français) à partir de prélèvements d’eau intégrée entre 0 et 20 m et effectués entre janvier et mai 2008. Les échantillons ont été analysés au moyen de techniques diverses telles que la cytométrie en flux et la PCR-DGGE. Parallèlement au suivi écosystèmique des différents compartiments planctoniques, une approche expérimentale a été utilisée afin d’appréhender l’impact de la lyse virale sur la mortalité des bactéries hétérotrophes et du phytoplancton comparativement à l’impact de la prédation par le microzooplancton. Au cours des mois, l’abondance phytoplanctonique augmentait, en lien avec l’évolution des principaux paramètres physico-chimiques tels que la température, passant de 2,43.103 cellules.ml-1 en février à 17,3.103 cellules.ml-1 en mai. La concentration des bactéries augmentait également au cours du temps, d’un facteur 3 entre janvier (1,5.106 cellules.ml-1) et avril (4,1.106 cellules.ml-1). Quant aux virus leur abondance chutait de 6,3 à 3,67.107 particules.ml-1. Un impact des virus sur la communauté bactérienne a pu être mis en évidence en février et en mars avec respectivement 78% et 39% de mortalité due à la lyse virale. Pour le phytoplancton, seul un impact a pu être relevé au cours du mois de février sur la population de Rhodomonas sp., mais avec une valeur de mortalité imputable aux virus très élevée, estimée à 67% (contre 33% pour le microzooplancton). Parallèlement on notait une diversité des cyanophages plus importante au cours des mois de mars et avril. Il ne nous a pas été possible d’apprécier la diversité des virus de microalgues eucaryotiques faute de temps mais des échantillons ont été conservés pour une analyse ultérieure par PCR-DGGE et/ou PFGE. Nos premiers résultats suggèrent que les virus semblent avoir un impact fonctionnel important mais de façon ponctuelle et sur des populations données. La mesure précise de la diversité reste à faire.