The study of benthic microbial communities to assess ecological changes following changes in agricultural practices: A case study following the ban of the herbicide diuron | Etude des communautés microbiennes naturelles benthiques pour évaluer les conséquences écologiques d’un changement de pratique agricole: Cas de l’interdiction d’utilisation de l’herbicide diuron

[Departement_IRSTEA]Eaux [TR1_IRSTEA]BELCA

National audience

Francés. La Directive Cadre Européenne sur l’Eau (DCE, 2000) impose le retour au «bon état écologique» des eaux, via notamment la restauration chimique des rivières contaminées. En conséquence, plusieurs mesures ont été prises ces dernières années à différentes échelles (locales, régionales ou nationales) afin de favoriser l’amélioration de la qualité chimique des cours d’eau. Par exemple, à l’échelle nationale, l’une des actions phares concernant les pesticides a été l’élaboration du plan Ecophyto 2018, suite au Grenelle de l’Environnement organisé en 2008. Le plan initial visait à inciter une réduction des usages de pesticides en zone agricole et non agricole, en fixant comme objectif une réduction de 50% de ces usages, grâce notamment au développement et à la diffusion de méthodes alternatives. Cependant, il est rapidement apparu évident que l’évaluation du bénéfice environnemental issu des différentes mesures mises en ½½uvre ne devait pas se limiter à la seule évaluation de la qualité chimique de l’environnement et qu’il était nécessaire de mieux appréhender la qualité écologique des milieux impactés. Cela a donc engendré un besoin de recherche pour développer des approches permettant de mieux appréhender les capacités de récupération des communautés aquatiques suite à une réduction de pression polluante. Parmi les communautés aquatiques, les communautés microbiennes présentent une forte capacité de réponse et d’adaptation aux changements environnementaux. Ainsi, l'exposition chronique des communautés microbiennes aux pesticides peut se traduire par la sélection d’espèces tolérantes mais également par des phénomènes d'adaptation génétique ou physiologique. L’étude de ces capacités adaptatives, généralement assez spécifiques d’un composé ou d’une famille de composés, s’avère donc très prometteuse pour établir in situ des liens entre exposition et effets biologiques sur les communautés microbiennes. Les communautés microbiennes naturelles constituent donc potentiellement des indicateurs de perturbation ou de résilience de la qualité des milieux, notamment en termes de pollution chimique. Deux approches ciblées sur l’étude des capacités adaptatives des communautés microbiennes semblent particulièrement prometteuses pour établir in situ des liens entre les niveaux d’exposition aux toxiques et leurs effets sur le compartiment microbien. Il s’agit i) des approches PICT (Pollution Induced Community Tolerance) qui visent à mesurer et suivre l’évolution du niveau de tolérance des communautés microbiennes aux toxiques et ii) des approches focalisant sur les capacités de biodégradation des pesticides organiques par les microorganismes hétérotrophes.