16S rRNA microbial community analysis and relationship with Salmonella Super shedder status in pigs

Cordoni, Guido | Horton, Daniel | Kerouanton, Annaëlle | Denis, Martine | Velge, Philippe | Kempf, Florent | Laroche, Béatrice | Brown, Holly | Kazakov, Dimitar | La Ragione, Roberto M | University of Surrey (UNIS) | Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES] ; Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) | Hygiène et qualité des produits avicoles et porcins (HQPAP) ; Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES] ; Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) | Infectiologie et Santé Publique (ISP) ; Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA) ; Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC) ; Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre Inria de l'Université Paris-Saclay ; Centre Inria de Saclay ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre Inria de Saclay ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) | Cardiff University | Department of Computer Science [York] ; University of York [York, UK] | This project received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under Grant Agreement No 773830 | European Project: 773830, H2020-SFS-2017-1 ,One Health EJP(2018)