Pathogenic and genetic variation in Xanthomonas axonopodis pv. Phaseoli and its fuscans variant in Southern Africa

Common bacterial blight (CBB) caused by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli and its fuscans variant, X. axonopodis pv. phaseoli var. fuscans is a widespread disease of dry beans in South Africa. Variation within pathogen populations has been reported and in order to breed for resistance it is important to investigate whether variation exists within the local pathogen population. One hundred and forty three common bacterial blight isolates from 44 localities in four countries, were inoculated onto eight Phaseolus acutifolius lines that differentiate between pathogenic races. This differential set was expanded to include resistant genotypes, XAN 159, GN #1 Nebr. sel 27, Wilk 2, Wilk 6, Vax 4, Vax 5 and Vax 6 and cv. Teebus as susceptible check. Genetic variation within nine selected Xap and Xapf isolates and a non-pathogenic Xanthomonas isolate, was studied using RAPD and AFLP analysis. Genotypes XAN 159, Wilk 2, Wilk 6, Vax 4, Vax 5 and Vax 6 were resistant to all isolates, while GN #1 Nebr. sel 27 and cv. Teebus were susceptible. Isolates varied in aggressiveness on cv. Teebus; however, the pathogenic reaction on the set of differentials indicated that all, but one isolate, grouped in what has been reported as race 2. Thus, results based on reaction of the majority isolates, suggest the absence of different races. However, the distinct differential reaction recorded for a single isolate, may prove to represent another, as yet unrecorded, race of this pathogen. Both RAPD and AFLP analyses revealed high frequency of DNA polymorphism among isolates and could distinguish between Xap, Xapf and a non-pathogenic isolate. Differences between Xap and Xapf isolates demonstrate that these are two distinct groups of bacteria.

Le flétrissement bactérien commun (CBB) causé par Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli et ses variantes “fuscans”, X. axonopodis var. pv. phaseoli est une maladie répandue des haricots en Afrique du Sud. Pour améliorer la résistance à la maladie, une étude était menée pour évaluer la variation à l’intérieur de populations pathogènes locales. Pour ce faire, cent quarante trois isolats de bactéries communes de flétrissement issues de 144 localités de quatre pays étaient inoculés dans huit lignées de Phaseolus acutifolius différentes de races pathogéniques. Cet ensemble differentiel était étendu afin d’inclure les génotypes résistants XAN 159, GN #1 Nebr. sel 27, Wilk 2, Wilk 6, Vax 4, Vax 5 et Vax 6 ainsi que cv. Teebus comme témoins susceptible. La variation génétique parmi neuf Xap et leurs isolats sélectionnés ainsi qu’un isolat de Xanthomonas non-pathogénique étaient étudiés par l’analyse RAPD et AFLP. Les génotypes XAN 159, Wilk 2, Wilk 6, Vax 4, Vax 5 et Vax 6 étaient résistants à tous les isolats alors que GN #1 Nebr. sel 27 et cv. Teebus étaient susceptibles. Les isolats variaient dans leur agressivité au cv; par ailleurs, la réaction pathogénique sur l’ensemble des différentiels a indiqué que tous les isolats sauf un seul, pouvaient être groupés dans ce qui était décrit comme race 2. Ainsi, les résultats basés sur la réaction de la majorité des isolats suggèrent l’absence de différentes races. Par ailleurs, la réaction différentielle distincte enregistrée dans un seul isolat, pourrait permettre de représenter une autre race de ce pathogène non encore enregistrée. Les analyses RAPD et AFLP ont révélé une fréquence élevée du polymorphisme de l’AND parmi les isolats et pourraient permettre de faire une distinction entre Xap, Xapf et un isolat non pathogénique. Les différences entre les isolats Xap et Xapf démontrent que ces derniers forment deux groupes distincts de bactéries.