DINÂMICA MOLECULAR DA ADENOSINA DEAMINASE DE <i>Edwardsiella tarda</i> EM ÁGUA - TUTORIAL EXPERIMENTAL
2015
Paulo Henrique Matayoshi Calixto | Arnaldo José Ballarini | Cláudio Aberto Gellis de Mattos Dias | Júlio César Sá-Oliveira
A bactéria Gram-negativa Edwardsiella tarda é responsável pela edwardisielose, uma doença hemorrágica de peixes, que conduz a grandes perdas econômicas em todo o mundo. O conhecimento das moléculas envolvidas em processos bioquímicos de E. tarda é importante para o desenvolvimento de novos alvos terapêuticos e/ou profiláticos. Uma dessas moléculas é a adenosina deaminase, envolvida no processo de maturação do tRNA, através da conversão de adenosina em inosina, ainda não caracterizada em E. tarda. A caracterização de uma proteína é mais bem conduzida quando se conhece as suas particularidades estruturais. Uma das principais ferramentas de caracterização estrutural é a dinâmica molecular. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi de proporcionar um tutorial facilitado de dinâmica molecular utilizando o GROMACS, bem como, estabelecer a dinâmica molecular in silico da adenosina deaminase de E. tarda. Os dados gerados apontaram que a estrutura da adenosina deaminase é estável, tanto do ponto de vista estrutural, quanto de enovelamento. O uso da dinâmica molecular pode auxiliar na escolha de novos alvos terapêuticos, sobretudo, no desenho racional de fármacos. Palavras-chave: Edwardsiella tarda, adenosina deaminase, dinâmica molecular, GROMACS, tutorial. DOI: http://dx.doi.org/10.18561/2179-5746/biotaamazonia.v5n4p8-14
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