Maternal kalıtımın moleküler göstergesi olan mitokondrial DNA, genomik DNA‘ya oranla daha hızlı evrimleşmesi, rekombinasyonun olmayışı ve türlerin coğrafi dağılımına göre farklılıklar göstermesi gibi özelliklerinden dolayı popülasyon genomiği, filogenetik ve filocoğrafik çalışmalarda sıklıkla tercih edilen belirteçlerden birisidir. Bu çalışmada Anadolu'da yetiştirilen bazı yerli sığır ırklarının, ırk içi ve ırklar arası genetik çeşitlilikleri ile filogenetik ilişkilerinin ortaya konulması amacıyla mitokondrial DNA D-Loop bölgesi dizi analizleri gerçekleştirildi. Öncelikle araştırmaya konu olan sığır ırklarının örnekleme çalışması tamamlandı. Standart Fenol/Kloroform Yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu yapılan örneklerin mitokondrial DNA D-Loop bölgesinin yükseltgenmesi ise Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile yapıldı. DNA dizi analizi sonrası yerli sığır ırklarına ait veriler GenBANK’ tan alınan referans mitokondrial DNA dizileri ile birlikte hizalandı. Haplotip ve nükleotid çeşitlilikleri ile popülasyon içi ve popülasyonlar arası genetik ve filogenetik ilişkileri değerlendirildi. Elde edilen veriler ile Anadolu yerli sığır ırklarının, nükleotid ve haplotip çeşitliliği, haplotip sayıları ile popülasyon içi ve popülasyonlar arası varyasyonun oldukça yüksek olduğu belirlendi. Anadolu da yetiştirilen yerli sığır ırklarının filogenetik olarak Asya ve Avrupa sığır ırkları arasında yer aldığı sonucuna varıldı.

Determination of genetic resources and their diversity constitutes are the initial step of the breeding programs. Before starting to the selection of the desired properties, many molecular methods are used to determine the existing genetic potential and determine the genotypic values. Many molecular methods (RAPD, RFLP, AFLP, SSR and DNA sequencing etc.) based on PCR technology are used to identify populations, identify genes related to yield and resistance, and demonstrate phylogenetic relationships. Many software’s for the analysis of molecular datasets obtained from molecular methods have been developed and the field of bioinformatics was born. In this study, after DNA sequence analysis; it is aimed to give information about haplotype analysis by determining SNPs (Single Nucleotide Polymorphism's) in individuals of populations, calculation of the genetic distance among populations and within populations, and software and analysis used for phylogenetic tree drawing.