Resumen Se analizaron la abundancia relativa y la variabilidad morfológica de 4 especies y 1 variedad del género Aulacoseira (Bacillariophyceae) en sedimentos lacustres provenientes de lagos con diferentes características climáticas, morfométricas, fisicoquímicas y nivel trófico. Las afinidades ecológicas se investigaron a través del método de promedios ponderados y análisis de correspondencia canónica. Los resultados señalaron al gradiente de temperatura, salinidad y de nivel trófico como las principales variables que determinan la distribución de los taxones. Las especies del género tuvieron una distribución en aguas con pH circumneutrales levemente alcalinos y salinidades bajas. Aulacoseira granulata tuvo la mayor frecuencia de presencia y tolerancia por salinidades un poco más elevadas, A. ambigua alcanzó las abundancias relativas más altas, A. nivaloides se distingue por su afinidad a agua fría, de baja salinidad y bajo nivel trófico. Aulacoseira ambigua, A. granulata y A. granulata var. angustissima se distribuyen en ambientes de agua dulce, meso-eutróficos y A. pusilla tiene una afinidad por agua más turbia y con nivel más alto de fósforo. Este estudio aporta información sobre la variabilidad biológica y distribución ecológica de las especies dentro del género en lagos del centro de México. | Abstract Relative abundance and morphological variability of 4 species and 1 variety of the genus Aulacoseira (Bacillariophyceae) were analyzed in sediments from lakes with different climatic, morphometric, physicochemical and tropic level regimes. Canonical correspondence analysis and weighted average optima were used to identify the ecological preferences of each taxon. The results show that temperature, salinity and trophic level were the main environmental variables defining species distribution. The species of the genus Aulacoseira were present only in circumneutral-slightly alkaline localities with low salinity. Aulacoseira granulata was the most frequent taxon and had the higher salinity tolerance, A. ambigua reached the highest relative abundances, A. nivaloides stand out because of its affinity for cold waters, of very low salinity and trophic level. Aulacoseira ambigua, A. granulata, and A. granulata var. angustissima prefered freshwater, meso-eutrophic conditions and A. pusilla turbid waters with high phosphorus concentrations. This study provides information on the biological variability and distribution of the species within the genus in lakes from central Mexico.