En la provincia de Los Rios el cultivo de soya se desarrolla casi en su totalidad (98 por ciento), asi como el 33 por ciento de las plantaciones cacaoteras de edad avanzada. En el Ecuador la superficie destinada a cacao entre asociado y monocultivo suma 364.418 ha, siendo su volumen de produccion 64.991 t, mientras que para soya la superficie cultivada es de 58.576 ha con un volumen de poduccion de 94.091. En los procesos agricolas el componente microbiano del suelo es importante para la salud de los ecosistemas, asi como en el manejo de los recursos vegetales que inciden sobre este componente afectando tanto a la biodiversidad como a la densidad de las poblaciones microbianas implicadas. Los resultados a mediano y largo plazo pueden ser la perdida de fertilidad de los suelos y su progresiva pauperizacion. La sostenibilidad de un agroecosistema yace tambien en su menor dependencia de fertilizantes y pesticidas quimicos. Dado que el sistema radicular de las plantas superiores esta asociado no solo a un ambiente inanimado, compuesto de sustancias organicas e inorganicas, sino tambien a una vasta comunidad de microorganismos metabolicamente activos, es necesario evaluar la simbiosis del componente vegetal especialmente con hongos micorrizicos arbusculares. Esta investigacion tiene por objeto explorar la simbiosis en condiciones naturales y aislar cepas nativas eficientes que puedan ser aplicadas en sistemas agricolas. Se llevo a cabo en lotes de sistemas de cultivo de cacao y soya representativos, de los cantones de Quevedo (Los Rios) y El Empalme (Guayas). En la fase de reproduccion e incremento de inoculo de micorriza se trabajo en la E.E. Santa Catalina, ubicada en Cutuglahua (Pichincha). La metodologia consistio en la seleccion de localidades con los principales sistemas de cultivo de soya y cacao y un referente para los dos cultivos, determinandose para ello los sistemas de: 1) Soya de siembra directa. 2) Soya de siembra convencional. 3) Cacao en sistema agroforestal convencional. 4) Cacao en sistema agroforestal tecnificado. 5) Cacao en sistema monocultivo de manejo quimico. 6) Cacao en sistema monocultivo de manejo organico. 7) Bosque secundario. Se realizaron encuestas para verificar el manejo y establecer un historial del lote. Los muestreos se realizaron en dos epocas climaticas: seca y lluviosa, colectandose muestras de la capa superficial en 3 replicas compuestas por 5 submuestras, contando finalmente con material homogenizado de 2 kg cada uno. Se realizo evaluacion de poblaciones de hongos arbusculares, de colonizacion micorrizica, aislamiento de cepas puras de micorrizas y colocacion en contenedores trampa. De acuerdo con los resultados, se concluye: 1) La esporulacion de los hongos arbusculares responde a muchos factores bioticos y abioticos, por lo que no pueden considerarse indices de diversidad y funcionalidad; sin embargo esta informacion puede complementarse al utilizar herramientas moleculares para determinar diferencias entre diversidad y estructura de poblaciones en los ecosistemas estudiados. Estos estudios podran proveer evidencias de diversidad de hongos por planta hospedera o especies dominantes por vegetal y ecosistema. 2) Los hongos arbusculares se comportan ecologicamente diferentes y pueden tener diferencias individuales en sus poblaciones las cuales son importantes en el desarrollo de los ecosistemas. La suma de estas diferencias individuales puede mostrar un comportamiento estable frente a los cambios medioambientales. 3) Las practicas culturales influencian directamente a las poblaciones de hongos arbusculares y la simbiosis. Practicas de rotacion de cultivos, sistemas de cobertura y otras ayudan a mantener la diversidad y funcionalidad de la micorriza arbuscular, independientemente del hospedero y el ecosistema en que se desarrolle. 4) Los sistemas Cacao Organico y Soya de siembra directa expresaron valores representativos en el funcionamiento de la simbiosis, esto sugiere mayor adaptacion al ecosistema en que se desarrolla y presencia de especies funcionales de hongos micorrizicos, aspecto a considerarse al momento de seleccionar propagalos nativos para utilizacion en experimentacion en campo o invernadero