Los estudios filogeográficos identifican cómo reconfiguraciones del paisaje y variaciones climáticas interactúan con las especies o comunidades de especies en regiones específicas y como esta interacción ha podido influenciar los procesos de diversificación. En los últimos años, la filogeografía se ha beneficiado con los avances en las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento, lo cual ha permitido incluir en los análisis no sólo un único locus mitocondrial o un conjunto de loci nucleares, sino genomas completos o algunas formas de representación reducida de los mismos, con el fin de dilucidar esos patrones de variación en taxones modelo o sus parientes cercanos. La mayoría de los estudios que involucran especies co-distribuidas se han desarrollado en el Paleártico, el Neártico y Australasia. Sin embargo, ahora el Neotrópico está alcanzando el mismo nivel de investigación, dado que es uno de los lugares más biodiversos del planeta, siendo la región en la cual se concentra la mayor riqueza de peces de agua dulce. Dentro de este grupo de peces tenemos a los que pertenecen a los Ostariophysi (Characiformes, Gymnotiformes y Siluriformes), que constituyen un grupo modelo para realizar este tipo de estudios ya que su evolución y diversificación han estado íntimamente vinculados a la evolución de las cuencas en las cuales estos peces se distribuyen. Este estudio filogeográfico de cinco especies de peces primarios distribuidos en ocho cuencas principales en el noroeste de Sur América y la Baja América Central, examina los datos de exones en combinación con genomas mitocondriales. | Pontificia Universidad Javeriana | National Science Foundation | Regional phylogeographical studies identify how landscape reconfigurations and regional climatic variations interacted with ecologies and natural histories of co-distributed species to shape current diversity establishing commonalities of spatial patterns. In the last years, phylogeography has benefited with advances in high-throughput sequencing technologies, improving from the previous single mitochondrial locus or a handful of nuclear loci for whole genomes or some forms of genome reduction, to elucidate those patterns of variation in model taxa or their close relatives. Most of the notable studies involving co-distributed species have been conducted for the Palearctic, the Nearctic, and the Australasia. However, the Neotropics is now catching up due to the fact that it is one of the greatest biodiversity hotspots on earth. The Neotropics counts with the world’s most dominant group of freshwater fish species, Ostariophysian, making it the best marker to conduct this kind of studies. The evolution and diversification of these lineages is thus linked to, and dependent on, the temporal connections in the course of watersheds and riverways as well as the displacements of the boundaries between merging rivers, reflecting the landscape evolution. In this study we examined exon data from 1,051 loci in combination with complete mitochondrial genomes to study the phylogeographic history of five primary fish species (155 individuals) representing three major fish orders (Characiformes, Gymnotiformes, and Siluriformes), collected from eight major river basins in Northwestern South America and Lower Central America. | Doctor en Ciencias Biológicas | Doctorado