Nucleotide sequence variations in the HSP70 gene of Olive leaf yellowing-associated virus [Olea europaea L.]
2006
Essakhi, S. | Elbeaino, T. | Digiaro, M. | Saponari, M. | Martelli, G.P.
Английский. Single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis of the HSP70 homologue gene of thirty isolates of Olive leaf yellowing-associated virus (OLYaV) from different geographical origins showed the existence of wide variability within this virus. This variability was clearly confirmed when multiple alignments of the HSP70 nucleotide sequences of 13 isolates that had different SSCP patterns were analysed. All isolates clustered with OLYaV-type in a phylogenetic tree constructed with the available HSP70 sequences of several members of the family Closteroviridae. The level of variability in a fragment of 383 nucleotides of the HSP70 gene ranged from 1% to 23%. Three distinct groups of isolates were identified, each of which had an internal variability lower than 10%, but showed a higher divergence from members of the other two groups (from 15 to 23%). In RT-PCR assays, primers specific for HSP70, but not those specific for the RdRp or HSP90 cistrons, amplified isolates of all groups. Whether or not the molecular differences observed in a highly conserved portion of the Closteroviridae genome (HSP70) can be indicative of the existence of more than one species within the OLYaV population remains to be ascertained
Показать больше [+] Меньше [-]итальянский. [L'analisi del polimorfismo della conformazione della singola elica (Single Strand Conformation Polymorphism, SSCP) del gene omologo dell'HSP70 di 30 isolati del Virus associato all'ingiallimento fogliare dell'olivo (OLYaV) con origini geografiche diverse ha evidenziato l'esistenza di un'ampia variabilità all'interno di questo virus. Questa variabilità è stata chiaramente confermata dall'analisi degli allineamenti multipli delle sequenze nucleotidiche dell'HSP70 di 13 isolati che avevano profili SSCP diversi. Tutti gli isolati si raggruppavano con il OLYaV in un albero filogenetico costruito con le sequenze disponibili di HSP70 di numerosi membri della famiglia Closteroviridae. Il livello di variabilità in un frammento di 383 nucleotidi del gene HSP70 variava dall'1% al 23%. Sono stati identificati tre gruppi distinti di isolati, ognuno dei quali aveva una variabilità interna inferiore al 10%, ma presentava una divergenza più alta dai membri degli altri due gruppi (dal 15% al 23%). In saggi RT-PCR, primer specifici per HSP70, ma non quelli specifici per la RdRp o i cistroni HSP90, amplificavano gli isolati di tutti i gruppi. Rimane da accertare se le differenze molecolari osservate in una porzione altamente conservata del genoma dei Closteroviridae (HSP70) può essere indicativa dell'esistenza di più di una specie nell'ambito della popolazione di OLYaV.]
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