Combiner analyse d’association et génomique fonctionnelle pour la recherche de gènes candidats

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Французский. Des odeurs désagréables, qualifiées d’odeur de verrat, peuvent se manifester lors de la cuissonde la viande de porc mâle entier. C’est en partie ce phénomène qui motive la pratiquede la castration à vif des porcelets mâles. Dans le but d’améliorer le bien-être des animauxd’élevage, la réglementation française interdit, depuis le 1er janvier 2022, cette pratique. C’estl’accumulation dans les tissus adipeux de composés tels que l’androsténone, stéroïde produitdans le testicule, qui est responsable de cette odeur désagréable. L’une des pistes pour faciliterla transition vers l’élevage de porcs non castrés est la sélection génétique d’animaux à faibleteneur en androsténone. Cette stratégie est réaliste compte tenu de l’héritabilité élevée de cecaractère. Pour préciser le déterminisme génétique de l’odeur de verrat, deux régions QTL associéesà ce caractère ont été retenues pour identifier des gènes candidats fonctionnels. Deuxméthodologies de GWAS ont été utilisées. Le QTL du SSC2 a été localisé par les deux méthodescontrairement à celui du SSC6. Les GWAS ont permis de définir une première région de 4 Mbsur le SSC2 et une région de 5 Mb sur le SSC6, très riche en gènes. Afin de mieux caractériser cesrégions, des analyses transcriptomiques par RNAseq ont été réalisées sur deux ensembles de 20verrats, sélectionnés sur la base de leurs haplotypes à ces deux QTL. Pour chaque région QTL,2 haplotypes ont été conservés, les animaux sélectionnés représentant les trois génotypes pources 2 haplotypes (homozygotes ou hétérozygotes). Pour la région située sur le chromosome 6,plusieurs gènes présentent une différence d’expression significative avec un niveau d’expressioncorrélé au génotype, extrêmes pour les homozygotes et intermédiaire pour l’hétérozygote. Nousprésenterons ces résultats et discuterons d’éventuels biais méthodologiques de cette démarche degénomique fonctionnelle.