Génotypage moléculaire pour le développement de la carte génétique de l'huître creuse: Crassostrea gigas

Les huîtres constituent le deuxième groupe d'espèces marines les plus cultivé dans le monde avec une production de 4,4 millions de tonnes, pour une valeur de 2,7 milliards de dollars (chiffres FAO 2004). L'ostréiculture française, dont la production est basée à 98% sur la culture de l'huître creuse Crassostrea gigas, occupe le quatrième rang mondial et le premier européen avec une production de 113750 tonnes, ce qui équivaut à une valeur marchande de 313 millions de dollars (FOA, 2004). Cependant, le phénomène de mortalité anormale, au cours de la période estivale, chez le naissain d'huîtres creuses engendre des pertes (jusqu'à 80% de la production annuelle) pour la profession ostréicole. C'est pourquoi, en 2001, une étude a été initiée par l'Ifremer (projet MOREST) dont l'un des objectifs fut de produire des animaux résistants à ce phénomène par le biais de l'amélioration génétique. Ainsi des familles d'huîtres présentant des performances contrastées en terme de survie en période estivale ont été produites. Afin de développer une sélection assistée par marqueur pour la production de l'huître creuse, une seconde étude a été mise en place. Les objectifs principaux sont d'établir une carte de liaison chez cette espèce puis de détecter des QTL (Quantitative Trait Locus) lié à la mortalité estivales c'est à dire de mettre en relation le génotype (marqueurs moléculaires) et le phénotype (mortalité estivale). Cette étude porte sur le génotypage de 31 marqueurs moléculaires de type microsatellites (marqueurs polymorphes et codominants) en vue de réaliser une cartographie génétique de l'huître creuse Crassostrea gigas, qui permettra de détecter les relations entre le génotype et le phénotype en ce qui concerne la mortalité estivales. Les individus sur lesquels seront effectués les travaux constituent la génération F1 et son au nombre de dix. Ils sont issus de croisements entre 12 parents F0, obtenus dans le cadre du projet MOREST. De plus, pour l'établissement de la carte de liaison, le degré d'information apporté par chacun des marqueurs microsatellites génotypés chez les F1 sera étudié, en vue d'un génotypage préférentiel de ces marqueurs chez la génération F2. Il en résulte que sur les 31 marqueurs testés, 27 sont considérées comme utilisables. De plus, une différence dans le nombre de marqueurs pleinement informatifs est observée en fonction des failles. D'autre part, il s'avère que les marqueurs génotypés ont une répartition hétérogène sur la carte de liaison et ne couvrent pas l'ensemble de celle-ci, d'où un génotypage d'autre marqueurs microsatellites mieux répartis sur la carte de liaison doit être envisagée.