Pesquisa in silico de variações no número de cópias em painel de genes associados a cancro hereditário

Este trabalho foi expressamente elaborado com vista à obtenção de grau de Mestre em Biologia Clínica Laboratorial.

É bem reconhecido que as CNVs detetadas na linha germinativa podem constituir a causa genética de várias doenças hereditárias. Estima-se que cerca de 10% dos cancros da mama e ovário sejam hereditários. A procura de genes envolvidos neste tipo de herança e a identificação de alterações patogénicas, é cada vez mais importante para que se possam desenvolver terapias direcionadas mais adequadas a cada doente. Para que tal seja possível, é importante que se desenvolvam novos métodos de análise molecular que complementem os já existentes. O software “panel cn.MOPS” é um novo programa que oferece a possibilidade de uma deteção rápida de CNVs a partir de ficheiros obtidos por NGS, este permite a análise até 94 genes de várias amostras em simultâneo, fazendo-se assim um rastreio dos genes importantes a analisar por MLPA, confirmando através deste método a existência e do tipo de alteração em causa (deleção ou duplicação). Este trabalho foi preconizado para testar a eficiência do programa (Panel cn.MOPS) na deteção de CNVs para que este possa começar a ser utilizado como uma primeira abordagem e direcionar a pesquisa de CNVs de um modo mais simples e eficaz. Face aos resultados obtidos, em que o software apresentou uma taxa de eficácia de aproximadamente 68%, existindo apenas uma alteração que não foi identificada e 8 falsos positivos pertencentes a amostras com má qualidade ou a regiões de determinados genes como (PMS2 e STK11) que foram apresentando problemas durante a análise. É relevante considerar que os laboratórios que realizem o mesmo tipo de diagnóstico molecular, se interesse por utilizar o programa facilitando assim o seu trabalho e promovendo uma análise mais completa, rápida e economicamente com custos reduzidos, que poderá ter implicações relevantes no diagnóstico molecular e eventualmente no tratamento de várias doenças. Quando for validado o desempenho clínico destes novos softwares, deverão ser estabelecidas diretrizes consensuais sobre o uso destes de programas de análise in silico promovendo importantes avanços para que seja possível oferecer um melhor acompanhamento clínico a todos os doentes e seus familiares.

It is well established that CNVs detected in the germline can constitute the genetic cause of several hereditary diseases. The estimation is that around 10% of all breast and ovarian cancer is of hereditary origin. The search for genes which are involved in this type of heritage and the identification of pathogen alteration, is becoming increasingly more important so that directed therapies, suitable for each patient, are developed. To make that possible, it is important to develop new molecular analysis methods which complement the ones that currently exist. The “panel cn.MOPS” software is a new program that offers the possibility of quick detection of CNVs from files obtained through NGS, and allows, simultaneously, the analysis of up to 94 genes from several samples, screening the important genes to analyse with MLPA, in order to confirm the existence and type of alteration at hand (deletion or duplication). This work was recommended to test the efficiency of the program (Panel cn.MOPS) for the detection of CNVs so that it can begin to be utilized as a first approach, as well as point the research of CNVs in a simpler and more efficient direction.Regarding the results obtained, the software presented a rate of efficiency of 68% with only one non-identified alteration and 8 false positives. The latter belonged to samples with low quality or to regions of certain genes, such as PMS2 and STK11, that were presenting problems throughout the analysis. It is relevant to consider that laboratories which execute the same type of molecular diagnostic become interested in using the program, hereby facilitating their work and promoting a more complete, quick and economically feasible analysis, which may have relevant implications in the molecular diagnosis and, eventually, in the treatment of several diseases. Once the clinical performance of these new software is validated, consensual guidelines ought to be established regarding the use of their use, promoting important advances so that it is possible to offer a better clinical follow-up to all patients and their relative