PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL  PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA

Didik Tulus Subekti; Ichwan Yuniarto; Sulinawati Sulinawati

PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA

2018

Didik Tulus Subekti | Ichwan Yuniarto | Sulinawati Sulinawati

Hierarchical Clustering Analysis (HCA) telah lama diketahui bermanfaat untuk analisis keragaman hayati mikroorganisme berdasarkan profil protein dari SDS PAGE (sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis). Namun demikian, beragamnya metoda HCA akan menyebabkan keragaman hasil analisis yang berbeda satu dengan lainnya. Oleh sebab itu perlu dievaluasi untuk mengetahui metoda HCA yang paling sesuai untuk menggambarkan keragaman hayati berdasar profil protein isolat T.evansi dari Indonesia. Sebelas isolat yang berasal dari lokasi geografis berbeda dielektroforesis pada SDS PAGE. Selanjutnya profil protein dari SDS PAGE dikonversi menjadi data binari dan dianalisis menggunakan lima metoda HCA yaitu Average Linkage, Complete Linkage, Single Linkage, Ward Linkage dan McQuitty Linkage. Data juga dianalisis dengan multidimensional scaling (MDS) dan densitogram. Hasil analisis menunjukkan bahwa dendrogram dengan metoda Ward Linkage merupakan hasil yang terbaik dan bersesuaian dengan densitogram, MDS dan mampu menggambarkan asal usul isolat secara geografis.

Показать больше [+]