A bacia do rio Jaguari tem grande importância sócio-econômica para o estado de São Paulo, que recentemente passou por uma crise hídrica sem precedentes. Neste estudo, foram monitorados três riachos de baixa ordem em áreas de cabeceira nesta bacia, a fim de se relacionar a qualidade da água com o grau de conservação das áreas de preservação permanente (APPs). Para tanto, foram coletadas amostras de sedimento para identificação da comunidade de macroinvertebrados bentônicos e amostras de água para monitoramento de variáveis físico-químicas. Os resultados indicaram um gradiente de qualidade ambiental, sendo que o trecho de rio que apresentava maior conservação da APP em sua microbacia teve maiores concentrações de oxigênio dissolvido, menores temperatura e condutividade elétrica e maior presença de famílias de macroinvertebrados sensíveis à degradação ambiental, além de ausência de táxons considerados resistentes, como Hirudinea e Oligochaeta. Existem também indicações de que as práticas de recuperação estão colaborando para a melhoria da qualidade da água fluvial em uma das microbacias. The Jaguari River basin has great socioeconomic importance for the São Paulo state, that recently faced a water crisis without precedents. In this study, three low order streams were monitored at the headwater areas of this basin, in order to relate the water quality to the degree of conservation of the permanent preservation areas (APPs). For this purpose, sediment samples were collected to identify the community of benthic macroinvertebrates and water samples to monitor physico-chemical variables. The results indicated a gradient of environmental quality, and the river section that presented greater conservation of the APP at its catchment had higher concentrations of dissolved oxygen, lower water temperature and electrical conductivity and greater presence of macroinvertebrate families sensitive to environmental degradation, besides the absence of taxa considered resistant, such as Hirudinea and Oligochaeta. There is also some indications that recovery practices are collaborating to improve river water quality in one of the watersheds.