The aim of this study was to evaluate the fungal microflora present in drinking water and domestic sewage from different districts of Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil. Water and sewage samples were collected during the four seasons and analyzed by the technique of Colony Forming Units (CFU). Yeasts and fungi of the genera Penicillium and Aspergillus were observed in the water samples. The genus Geotrichum was also found in the sewage. Therefore, it is concluded that treatment of water held in the municipality is unable to remove these agents.<p><p> objetivo deste estudo foi investigar a microbiota fúngica presente na água potável e no esgoto doméstico de distintos bairros de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brasil. Amostras de água e esgoto foram colhidas durante as quatro estações do ano e analisadas pela técnica de Unidades Formadoras de Colônias (UFC). Foi observada a presença dos gêneros Penicillium, Aspergillus e leveduras nas amostras de água. No esgoto, além dos agentes fúngicos reportados na água foi identificado o gênero Geotrichum. Dessa forma, conclui-se que o tratamento da água realizado no município não é capaz de eliminar estes agentes.